1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...aatgttttaatgagttgagaaattgcaatgtaaggttgacaatatttgttggttttgcacttttggattattgattgatgtttcatggttgctttttcagTCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTGGACAGCCAAACGGAAGTCCCAAATCATGTCTCTGAGGATCATGCATGAA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv03s0091g00740.t01 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGG TCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTGEST: gi|71888433|gb|DT037488.1|DT037488
genomic: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGGgtaagcttgg ... gctttttcagTCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTG
EST: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGG TCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTGEST: gi|110420156|gb|EC986419.1|EC986419
genomic: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGGgtaagcttgg ... gctttttcagTCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTG
EST: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGGATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGG TCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTGEST: gi|110363399|gb|EC926982.1|EC926982
genomic: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGGgtaagcttgg ... gctttttcagTCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTG
EST: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGG TCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTGEST: gi|110359067|gb|EC919937.1|EC919937
genomic: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGGgtaagcttgg ... gctttttcagTCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTG
EST: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGG TCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTGEST: gi|110383781|gb|EC948181.1|EC948181
genomic: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGGgtaagcttgg ... gctttttcagTCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTG
EST: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGG TCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTGEST: gi|110384097|gb|EC948513.1|EC948513
genomic: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGGgtaagcttgg ... gctttttcagTCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTG
EST: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGG TCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTGEST: gi|110718216|gb|EE094793.1|EE094793
genomic: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGGgtaagcttgg ... gctttttcagTCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTG
EST: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGGATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGG TCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTGEST: gi|349830520|gb|FQ416830.1|FQ416830
genomic: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGGgtaagcttgg ... gctttttcagTCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTG
EST: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGG TCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTGEST: gi|26262131|gb|CA813194.1|CA813194
genomic: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGGgtaagcttgg ... gctttttcagTCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTG
EST: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGG TCATACATGGACTCGGAGATCAGAGGTATAATGGCAGAATACATGGCCCTGEST: gi|30296650|gb|CB973444.1|CB973444
genomic: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGGgtaagcttgg ... gctttttcagTCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTG
EST: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGG TCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTGEST: gi|110692278|gb|EE071340.1|EE071340
genomic: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGGgtaagcttgg ... gctttttcagTCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTG
EST: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGG TCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTGEST: gi|34362390|gb|CF403975.1|CF403975
genomic: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGGgtaagcttgg ... gctttttcagTCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTG
EST: CTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGG TCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCGCAATACATGCCCCTGEST: gi|110384398|gb|EC948830.1|EC948830
genomic: CTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGGgtaagcttgg ... gctttttcagTCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTG
EST: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGG TCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTGEST: gi|26263194|gb|CA814257.1|CA814257
genomic: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGGgtaagcttgg ... gctttttcagTCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTG
EST: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGG TCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTGEST: gi|30131171|gb|CB916510.1|CB916510
genomic: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGGgtaagcttgg ... gctttttcagTCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTG
EST: CTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGG TCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTGEST: gi|110403004|gb|EC964013.1|EC964013
genomic: CTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGGgtaagcttgg ... gctttttcagTCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTG
EST: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGG TCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTGEST: gi|30300932|gb|CB977726.1|CB977726
genomic: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGGgtaagcttgg ... gctttttcagTCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTG
EST: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGG TCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTGEST: gi|30296719|gb|CB973513.1|CB973513
genomic: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGGgtaagcttgg ... gctttttcagTCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTG
EST: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGG TCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTG
genomic: TGGCTATGGCTGGTACTGGAGCATATCTTGTGTACAAATATAGAATAAGGgtaagcttgg ... gctttttcagTCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTG
ttgttggttttgcacttttggattattgattgatgtttcatggttgctttttcagTCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTGGACAGCCAAACGGAAGTCCCAAATCATGTCTCTGAGGATCATGCATGAA
ttgctttttc CT-rich tract
attattgatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aatgttttaatgagttgagaaattgcaatgtaaggttgacaatatttgttggttttgcacttttggattattgattgatgtttcatggttgctttttcagTCATACATGGACTCGGAGATCAGAGCTATAATGGCACAATACATGCCCCTGGACAGCCAAACGGAAGTCCCAAATCATGTCTCTGAGGATCATGCATGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - -agaaatt
- - - - - - - - - - - - -caatgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttcatgg