Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcttttctacaatgtggaaatgtttaccttgaaaatctataatgttctattttttccttttttaattttatacctacgtgcatagATCATTAGAGGCGGTAGAAGAGTTGAGGTTTCAATATTTGATATTGTCGTTGGTGATGTTGTACCCCTCAACATAGGGAACCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0052g00320.t01
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv11s0052g00320.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os02g08018.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtatgcttttctacaatgtggaaatgtttaccttgaaaatctataatgttctattttttccttt--tttaattttatacctacgtgcat-agATCATTAGAGGCGGTAGAAGAGTTGAGGTTTCAATATTTGATATTGTCGTTGGTGATGTTGTACCCCTCAACATAGGGAACCAG
   |||        ||| |    || | |    | |  | | | ||| || || |  |    |    ||   ||| |   |||     | || | |||||||| ||||||||  |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  | || || || ||  |||||
--gtgcgccatatgaatatacccatttctcagataattagcaacaatattttagtcctctaatggggttgtatttgtgt-tacacttgtcagGTTATTAGAGGTGGTAGAAGGATTGAAGTGTCAATATTTGATATTGTAGTTGGTGATGTAGTGGCTCTAAAAATTGGTGACCAG

upper sequence: Vv11s0052g00320.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA13G00420.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
gtatgcttttctacaatgtggaaatgtttaccttgaaaatctataatgttctattttttccttttttaattttatacctacgtgcatagATCATTAGAGGCGGTAGAAGAGTTGAGGTTTCAATATTTGATATTGTCGTTGGTGATGTTGTACCCCTCAACATAGGGAACCAG
|| || ||||   |   |    | | ||||   | |  || ||| ||  ||    |  |   ||| |  ||  ||   | | ||   || | ||| |||  ||||||||||||||| | || |||| |||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||| || || |||
gtttgttttttggctcagcaatact-tttattattattat-tattatcatcatcatcataactttatgtttcaatttgtgcttgagaagGTTATTCGAGATGGTAGAAGAGTTGAGATCTCCATATATGATGTTGTTGTTGGTGATGTTATACCCCTTAACATTGGTAATCAG

upper sequence: Vv11s0052g00320.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA17G06520.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
-----------------------------------gtatgcttttctacaatgtggaaatgtttaccttgaaaatctataatgttctattttttccttttttaattttatacctacgtgcatagATCATTAGAGGCGGTAGAAGAGTTGAGGTTTCAATATTTGATATTGTCGTTGGTGATGTTGTACCCCTCAACATAGGGAACCAG
                                    |||  || |      ||| |  |   |||   | |   |   || | || |  || ||   ||  || ||  ||   | | ||   || | ||| |||  ||||||||||| ||| | || |||| |||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||| || || |||
gtttgttttttgtcttagcaatacttttattattattattattattgttgttgttgttactattattattattgttattattattattattattaacttcatatttcaatttgtgcttgagaagGTTATTCGAGATGGTAGAAGAGTCGAGATCTCCATATATGATGTTGTTGTTGGTGATGTTATACCCCTTAACATTGGTAATCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaaaatctataatgttctattttttccttttttaattttatacctacgtgcatagATCATTAGAGGCGGTAGAAGAGTTGAGGTTTCAATATTTGATATTGTCGTTGGTGATGTTGTACCCCTCAACATAGGGAACCAG
                             ttttaat  putative branch site (score: 3)
     tctataatgttctatt  TA-rich tract