1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...aggaaccctttgaaggaataagttcctttattactcagaagctttataggtttttcttatgttttatttacatcttgtgctaaattgtacttatctttagGAGTTCACTGATAAGCTGATTGAGGAGGAGGAATTGGATGTAGATCAAAAGGATGCATTTAAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv07s0031g01480.t01 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTTTTCTGCGAGTTTGAATGGGAGCTTGATGAACTTGAA GAGTTCACTGATAACCTGATTGAGGAGGAAGAATTGGAGGTAAATCAAA-GEST: gi|22014631|gb|BQ799665.1|BQ799665
genomic: GTTTTCTGCGAGTTTGATTGGGAGCTTGATGAACTTGAGgtacacaagt ... ttatctttagGAGTTCACTGATAAGCTGATTGAGGAGGAGGAATTGGATGTAGATCAAAAG
EST: GTTTTCTGCGAG-TTGATTGGGAGCTTGATGAACTTGAG GAGTTCACTGATAAGCTGATTGAGGAGGAGGAATTGGATGCAGATCAAAAG
genomic: GTTTTCTGCGAGTTTGATTGGGAGCTTGATGAACTTGAGgtacacaagt ... ttatctttagGAGTTCACTGATAAGCTGATTGAGGAGGAGGAATTGGATGTAGATCAAAAG
ataggtttttcttatgttttatttacatcttgtgctaaattgtacttatctttagGAGTTCACTGATAAGCTGATTGAGGAGGAGGAATTGGATGTAGATCAAAAGGATGCATTTAAG
tgctaaa putative branch site (score: 2)
cttatcttt putative PPT
tttttcttatgtttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aggaaccctttgaaggaataagttcctttattactcagaagctttataggtttttcttatgttttatttacatcttgtgctaaattgtacttatctttagGAGTTCACTGATAAGCTGATTGAGGAGGAGGAATTGGATGTAGATCAAAAGGATGCATTTAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - -ccctttg
- - - - - - - ggaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttgtgc