Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cccccctcttttgggttttgttttttggagagtctttgctaaaattgggtcttggtgaattcattttatctggattttctgtgtctttggtcattgccagGTTGCTGAGCCACAGGTGACTAGATTATGTATGGAAGCTCAAGAATGCATGGTGAGGGGCAGATGGTTGGATTTGGCATCATTAATGCTCACATCTGCTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0068g00220.t01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161706931|gb|FC057263.1|FC057263
EST:     CCGTCGTCCGCTACACCGCCGAGATATCCTGGGCCGACGCTGGTCCTGAG                         GTTGCTGAGCCACAGGTGACTAGATTATGTATGGAAGCTCAAGAATGCATG
genomic: CCGTCGTCCGCTACACCGCCGAGATTTCCTGGGCCGACGCTGGTCCTGAGgtactgtttt ... tcattgccagGTTGCTGAGCCACAGGTGACTAGATTATGTATGGAAGCTCAAGAATGCATG
EST: gi|110687972|gb|EE065988.1|EE065988
EST:     CCGTCGTCCGCTACACCGCCGAGATTTCCTGGGCCGACGCTGGTCCTGAG                         GTTGCTGAGCCACAGGTGACTAGATTATGTATGGAAGCTCAAGAATGCATG
genomic: CCGTCGTCCGCTACACCGCCGAGATTTCCTGGGCCGACGCTGGTCCTGAGgtactgtttt ... tcattgccagGTTGCTGAGCCACAGGTGACTAGATTATGTATGGAAGCTCAAGAATGCATG
EST: gi|161707956|gb|FC057777.1|FC057777
EST:     CCGTCGTCCGCTACACCGCCGAGATATCCTGGGCCGACGCTGGTCCTGAG                         GTTGCTGAGCCACAGGTGACTAGATTATGTATGGAAGCTCAAGAATGCATG
genomic: CCGTCGTCCGCTACACCGCCGAGATTTCCTGGGCCGACGCTGGTCCTGAGgtactgtttt ... tcattgccagGTTGCTGAGCCACAGGTGACTAGATTATGTATGGAAGCTCAAGAATGCATG
EST: gi|110712478|gb|EE090143.1|EE090143
EST:     CCGTCGTCCGCTACACCGCCGAGATTTCCTGGGCCGACGCTGGTCCTGAG                         GTTGCTGAGCCACAGGTGACTAGATTATGTATGGAAGCTCAAGAATGCATG
genomic: CCGTCGTCCGCTACACCGCCGAGATTTCCTGGGCCGACGCTGGTCCTGAGgtactgtttt ... tcattgccagGTTGCTGAGCCACAGGTGACTAGATTATGTATGGAAGCTCAAGAATGCATG
EST: gi|71863149|gb|DT012204.1|DT012204
EST:     CCGTCGTCCGCTACACCGCCGAGATTTCCTGGGCCGACGCTGGTCCTGAG                         GTTGCTGAGCCACAGGTGACTAGATTATGTATGGAAGCTCAAGAATGCATG
genomic: CCGTCGTCCGCTACACCGCCGAGATTTCCTGGGCCGACGCTGGTCCTGAGgtactgtttt ... tcattgccagGTTGCTGAGCCACAGGTGACTAGATTATGTATGGAAGCTCAAGAATGCATG
EST: gi|110712589|gb|EE090382.1|EE090382
EST:     CCGTCGTCCGCTACACCGCCGAGATTTCCTGGGCCGACGCTGGTCCTGAG                         GTTGCTGAGCCACAGGTGACTAGATTATGTATGGAAGCTCAAGAATGCATG
genomic: CCGTCGTCCGCTACACCGCCGAGATTTCCTGGGCCGACGCTGGTCCTGAGgtactgtttt ... tcattgccagGTTGCTGAGCCACAGGTGACTAGATTATGTATGGAAGCTCAAGAATGCATG
EST: gi|71855462|gb|DT004517.1|DT004517
EST:     CCGTCGTCCGCTACACCGCCGAGATATCCTGGGCCGACGCTGGTCCTGAG                         GTTGCTGAGCCACAGGTGACTAGATTATGTATGGAAGCTCAAGAATGCATG
genomic: CCGTCGTCCGCTACACCGCCGAGATTTCCTGGGCCGACGCTGGTCCTGAGgtactgtttt ... tcattgccagGTTGCTGAGCCACAGGTGACTAGATTATGTATGGAAGCTCAAGAATGCATG
EST: gi|110729402|gb|EE105325.1|EE105325
EST:     CCGTCGTCCGCTACACCGCCGAGATTTCCTGGGCCGACGCTGGTCCTGAG                         GTTGCTGAGCCACAGGTGACTAGATTATGTATGGAAGCTCAAGAATGCATG
genomic: CCGTCGTCCGCTACACCGCCGAGATTTCCTGGGCCGACGCTGGTCCTGAGgtactgtttt ... tcattgccagGTTGCTGAGCCACAGGTGACTAGATTATGTATGGAAGCTCAAGAATGCATG
EST: gi|110390588|gb|EC955507.1|EC955507
EST:     CCGTCGTCCGCTACACCGCCGAGATATCCTGGGCCGACGCTGGTCCTGAG                         GTTGCTGAGCCACAGGTGACTAGATTATGTATGGAAGCTCAAGAATGCATG
genomic: CCGTCGTCCGCTACACCGCCGAGATTTCCTGGGCCGACGCTGGTCCTGAGgtactgtttt ... tcattgccagGTTGCTGAGCCACAGGTGACTAGATTATGTATGGAAGCTCAAGAATGCATG
EST: gi|294964529|gb|GW838332.1|GW838332
EST:     CCGTCGTCCGCTACACCGACGAGATATCCTGGGCCGACGCTGGTCCTGAG                         GTTGCTGAGCCACAGGTGACTAGATTATGTACGGAAGCTCAAGAATGCATG
genomic: CCGTCGTCCGCTACACCGCCGAGATTTCCTGGGCCGACGCTGGTCCTGAGgtactgtttt ... tcattgccagGTTGCTGAGCCACAGGTGACTAGATTATGTATGGAAGCTCAAGAATGCATG
EST: gi|71862881|gb|DT011936.1|DT011936
EST:     CCGTCGTCCGCTACACCGCCGAGATTTCCTGGGCCGACGCTGGTCCTGAG                         GTTGCTGAGCCACAGGTGACTAGATTATGTATGGAAGCTCAAGAATGCATG
genomic: CCGTCGTCCGCTACACCGCCGAGATTTCCTGGGCCGACGCTGGTCCTGAGgtactgtttt ... tcattgccagGTTGCTGAGCCACAGGTGACTAGATTATGTATGGAAGCTCAAGAATGCATG
EST: gi|71881662|gb|DT030717.1|DT030717
EST:     CCGTCGTCCGCTACACCGCCGAGATATCCTGGGCCGACGCTGGTCCTGAG                         GTTGCTGAGCCACAGGTGACTAGATTATGTATGGAAGCTCAAGAATGCATG
genomic: CCGTCGTCCGCTACACCGCCGAGATTTCCTGGGCCGACGCTGGTCCTGAGgtactgtttt ... tcattgccagGTTGCTGAGCCACAGGTGACTAGATTATGTATGGAAGCTCAAGAATGCATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgggtcttggtgaattcattttatctggattttctgtgtctttggtcattgccagGTTGCTGAGCCACAGGTGACTAGATTATGTATGGAAGCTCAAGAATGCATGGTGAGGGGCAGATGGTTGGATTTGGCATCATTAATGCTCACATCTGCTG
          tgaattcattttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cccccctcttttgggttttgttttttggagagtctttgctaaaattgggtcttggtgaattcattttatctggattttctgtgtctttggtcattgccagGTTGCTGAGCCACAGGTGACTAGATTATGTATGGAAGCTCAAGAATGCATGGTGAGGGGCAGATGGTTGGATTTGGCATCATTAATGCTCACATCTGCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG
-ccccctc
- - - - ttttggg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaattg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cttggtg