1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...gtaatggaatcaaattctgaacaatcacaaggcatgtagtgttggtaaatggaaaattgatatggcattttgaatttaatgttttttcttgcatttgcagCATATACCTTAGACGAAGTGGATGAGAAGACAAAGGCTTTTCGGACCTCAGCAAAGTATACCGTAGGAGATAATGCATCTTCTCTTGAT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv12s0057g00900.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
taaatggaaaattgatatggcattttgaatttaatgttttttcttgcatttgcagCATATACCTTAGACGAAGTGGATGAGAAGACAAAGGCTTTTCGGACCTCAGCAAAGTATACCGTAGGAGATAATGCATCTTCTCTTGAT
atttaat putative branch site (score: 4)
ttttttcttgcattt CT-rich tract
attttgaatttaatgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaatggaatcaaattctgaacaatcacaaggcatgtagtgttggtaaatggaaaattgatatggcattttgaatttaatgttttttcttgcatttgcagCATATACCTTAGACGAAGTGGATGAGAAGACAAAGGCTTTTCGGACCTCAGCAAAGTATACCGTAGGAGATAATGCATCTTCTCTTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - -aatcaaa
- - - - - - - - - - - - tcacaag
- - - - - - - - - - - - - - - -gcatgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatggca