Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...atcacaacacaactaccctgatttacagagagattttctatatccattcactactcagaatcacctctttctattgttgattgttgtttgggtttcggagAAAGAAAATTAAGAAGATGAGTCATGTGGGGAAAGCTTGGTTAGTGGCAGCAAGTGTGGGAGCAGTGGAGGCACTCAAGGATCAGGGCTTCTGCAGATGG
Basic information
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.attcactactcagaatcacctctttctattgttgattgttgtttgggtttcggagAAAGAAAATTAAGAAGATGAGTCATGTGGGGAAAGCTTGGTTAGTGGCAGCAAGTGTGGGAGCAGTGGAGGCACTCAAGGATCAGGGCTTCTGCAGATGG
tgttgat putative branch site (score: 4)
tttctatt TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
atcacaacacaactaccctgatttacagagagattttctatatccattcactactcagaatcacctctttctattgttgattgttgtttgggtttcggagAAAGAAAATTAAGAAGATGAGTCATGTGGGGAAAGCTTGGTTAGTGGCAGCAAGTGTGGGAGCAGTGGAGGCACTCAAGGATCAGGGCTTCTGCAGATGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - caacaca
- - - - - - - accctga
- - - - - - - - - - - - - agagaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccattca