1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tctacatttctttttgggtggtcgcccattttgctcgagtattcaatggggtaccaggggcttgttaattccttattatcaatgacaagctgaacatgtgGCAGAGGATACTGATTCAGATTCGGTTTTGAGTTCATTAAAGATCCTGAGTTATAATGTTTGGTTTCGAGAAGACCTGGAGATGGATAAAAGGATGCAAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv10s0116g01630.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
atggggtaccaggggcttgttaattccttattatcaatgacaagctgaacatgtgGCAGAGGATACTGATTCAGATTCGGTTTTGAGTTCATTAAAGATCCTGAGTTATAATGTTTGGTTTCGAGAAGACCTGGAGATGGATAAAAGGATGCAAG
tgttaat putative branch site (score: 3)
ttaattccttattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tctacatttctttttgggtggtcgcccattttgctcgagtattcaatggggtaccaggggcttgttaattccttattatcaatgacaagctgaacatgtgGCAGAGGATACTGATTCAGATTCGGTTTTGAGTTCATTAAAGATCCTGAGTTATAATGTTTGGTTTCGAGAAGACCTGGAGATGGATAAAAGGATGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - tgggtgg
- - - - - - - - - - -tcgccca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caatggg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gggcttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aatgacaa