Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttatctcttgctaatgctctttgtacatgtatgtatatgtatgtgaaatttattgcttatttggtttgattttgcagATATTTGCTGCTTCAAGGCTTGATATACCTGATGCATGGCAAATGCCGCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0056g00030.t01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110703134|gb|EE079712.1|EE079712
EST:     AAGGCTATAGAAGAAATGTTGGTGTTTGTCTAATCAATCCTTCTAAGAAG                         ATATTTGCTGCTTCAAGGCTTGATATACCTGATGCATGGCAAATGCCGCAG
genomic: AAGGCTATAGAAGAAATGTTGGTGTTTGTCTAATCAATCCTTCTAAGAAGgtttatctct ... gattttgcagATATTTGCTGCTTCAAGGCTTGATATACCTGATGCATGGCAAATGCCGCAG
EST: gi|351033064|gb|FQ446417.1|FQ446417
EST:     AAGGCTATAGAAGAAATGTTGGTGTTTGTCTAATCAATCCTTCTAAGAAG                         ATATTTGCTGCTTCAAGGCTTGATATACCTGATGCATGGCAAATGCCGCAG
genomic: AAGGCTATAGAAGAAATGTTGGTGTTTGTCTAATCAATCCTTCTAAGAAGgtttatctct ... gattttgcagATATTTGCTGCTTCAAGGCTTGATATACCTGATGCATGGCAAATGCCGCAG
EST: gi|110702464|gb|EE081204.1|EE081204
EST:     GCTATAGAAGAAATGTTGGTGTTTGTCTAATCAATCCTTCTAAGAAG                         ATATTTGCTGCTTCAAGGCTTGATATACCTGATGCATGGCAAATGCCGCAG
genomic: GCTATAGAAGAAATGTTGGTGTTTGTCTAATCAATCCTTCTAAGAAGgtttatctct ... gattttgcagATATTTGCTGCTTCAAGGCTTGATATACCTGATGCATGGCAAATGCCGCAG
EST: gi|351026488|gb|FQ428500.1|FQ428500
EST:     AAGGCTATAGAAGAAATGTTGGTGTTTGTCTAATCAATCCTTCTAAGAAG                         ATATTTGCTGCTTCAAGGCTTGATATACCTGATGCATGGCAAATGCCGCAG
genomic: AAGGCTATAGAAGAAATGTTGGTGTTTGTCTAATCAATCCTTCTAAGAAGgtttatctct ... gattttgcagATATTTGCTGCTTCAAGGCTTGATATACCTGATGCATGGCAAATGCCGCAG
EST: gi|77584900|gb|DV221533.1|DV221533
EST:     AAGGCTATAGAAGAAATGTTGGTGTTTGTCTAATCAATCCTTCTAAGAAG                         ATATTTGCTGCTTCAAGGCTTGATATACCTGATGCATGGCAAATGCCGCAG
genomic: AAGGCTATAGAAGAAATGTTGGTGTTTGTCTAATCAATCCTTCTAAGAAGgtttatctct ... gattttgcagATATTTGCTGCTTCAAGGCTTGATATACCTGATGCATGGCAAATGCCGCAG
EST: gi|27582290|gb|CB004985.1|CB004985
EST:     AAGGCTATAGAAGAAATGTTGGTGTTTGTCTAATCAATCCTTCTAAGAAG                         ATATTTGCTGCTTCAAGGCTTGATATACCTGATGCATGGCAAATGCCGCAG
genomic: AAGGCTATAGAAGAAATGTTGGTGTTTGTCTAATCAATCCTTCTAAGAAGgtttatctct ... gattttgcagATATTTGCTGCTTCAAGGCTTGATATACCTGATGCATGGCAAATGCCGCAG
EST: gi|71870980|gb|DT020035.1|DT020035
EST:     AAGGCTATAGAAGAAATGTTGGTGTTTGTCTAATCAATCCTTCTAAGAAG                         ATATTTGCTGCTTCAAGGCTTGATATACCTGATGCATGGCAAATGCCGCAG
genomic: AAGGCTATAGAAGAAATGTTGGTGTTTGTCTAATCAATCCTTCTAAGAAGgtttatctct ... gattttgcagATATTTGCTGCTTCAAGGCTTGATATACCTGATGCATGGCAAATGCCGCAG
EST: gi|110382971|gb|EC947304.1|EC947304
EST:     AAGGCTATAGAAGAAATGTTGGTGTTTGTCTAATCAATCCTTCTAAGAAG                         ATATTTGCTGCTTCAAGGCTTGATATACCTGATGCATGGCAAATGCCGCAG
genomic: AAGGCTATAGAAGAAATGTTGGTGTTTGTCTAATCAATCCTTCTAAGAAGgtttatctct ... gattttgcagATATTTGCTGCTTCAAGGCTTGATATACCTGATGCATGGCAAATGCCGCAG
EST: gi|18458074|gb|BM436352.1|BM436352
EST:     AAGGCTATAGAAGAAATGTTGGTGTTTGTCTAATCAATCCTTCTAAGAAG                         ATATTTGCTGCTTCAAGGCTTGATATACCTGATGCATGGCAAATGCCGCAG
genomic: AAGGCTATAGAAGAAATGTTGGTGTTTGTCTAATCAATCCTTCTAAGAAGgtttatctct ... gattttgcagATATTTGCTGCTTCAAGGCTTGATATACCTGATGCATGGCAAATGCCGCAG
EST: gi|71867829|gb|DT016884.1|DT016884
EST:     AAGGCTATAGAAGAAATGTTGGTGTTTGTCTAATCAATCCTTCTAAGAAG                         ATATTTGCTGCTTCAAGGCTTGATATACCTGATGCATGGCAAATGCCGCAG
genomic: AAGGCTATAGAAGAAATGTTGGTGTTTGTCTAATCAATCCTTCTAAGAAGgtttatctct ... gattttgcagATATTTGCTGCTTCAAGGCTTGATATACCTGATGCATGGCAAATGCCGCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtacatgtatgtatatgtatgtgaaatttattgcttatttggtttgattttgcagATATTTGCTGCTTCAAGGCTTGATATACCTGATGCATGGCAAATGCCGCAG
                                         gtttgat  putative branch site (score: 5)
           tatatgtatgtgaaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttatctcttgctaatgctctttgtacatgtatgtatatgtatgtgaaatttattgcttatttggtttgattttgcagATATTTGCTGCTTCAAGGCTTGATATACCTGATGCATGGCAAATGCCGCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT