Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgggttcatttgtgggaattttcatcatttcccctttgttgtatatatctacaatgcttaggtgttcattggtttttgatttaattttggtcagGGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTTCTGGTATGGGCATATCAAGCAGTGACCCCTCCGCCTCCAAAGATATGTGGCTCTCCGAA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0080g00320.t01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|77582604|gb|DV220288.1|DV220288
EST:     AGAAAAGTAATTGTAAATTTCTGTAGAGAGCAAGGAGCAGTGATATTCAG                         GGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTGCTGGTATGGG
genomic: AGAAAAGTAATTGTAAATTTCTGTAGAGAGCAAGGAGCAGTGATATTCAGgtgggttcat ... ttttggtcagGGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTTCTGGTATGGG
EST: gi|37187805|gb|CF607158.1|CF607158
EST:     AGAAAAGTAATTGTAAATTTCTGTAGAGAGCAAGCAGCAGTGATATTCAG                         GGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTGCTGGTATGGG
genomic: AGAAAAGTAATTGTAAATTTCTGTAGAGAGCAAGGAGCAGTGATATTCAGgtgggttcat ... ttttggtcagGGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTTCTGGTATGGG
EST: gi|77579304|gb|DV218477.1|DV218477
EST:     GCAGTGATATTCAG                         GGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTGCTGGTATGGG
genomic: GCAGTGATATTCAGgtgggttcat ... ttttggtcagGGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTTCTGGTATGGG
EST: gi|161713385|gb|FC063377.1|FC063377
EST:     AGAAAAGTAATTGTAAATTTCTGTAGAGAGCAAGCAGCAGTGATATTCAG                         GGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTGCTGGTATGGG
genomic: AGAAAAGTAATTGTAAATTTCTGTAGAGAGCAAGGAGCAGTGATATTCAGgtgggttcat ... ttttggtcagGGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTTCTGGTATGGG
EST: gi|110686540|gb|EE064292.1|EE064292
EST:     GAGCAAGCAGCAGTGATATTCAG                         GGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTGCTGGTATGGG
genomic: GAGCAAGGAGCAGTGATATTCAGgtgggttcat ... ttttggtcagGGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTTCTGGTATGGG
EST: gi|71856229|gb|DT005284.1|DT005284
EST:     AGAAAAGTAATTGTAAATTTCTGTAGAGAGCAAGCAGCAGTGATATTCAG                         GGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTGCTGGTATGGG
genomic: AGAAAAGTAATTGTAAATTTCTGTAGAGAGCAAGGAGCAGTGATATTCAGgtgggttcat ... ttttggtcagGGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTTCTGGTATGGG
EST: gi|71865690|gb|DT014745.1|DT014745
EST:     GCAGTGATATTCAG                         GGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTGCTGGTATGGG
genomic: GCAGTGATATTCAGgtgggttcat ... ttttggtcagGGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTTCTGGTATGGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtatatatctacaatgcttaggtgttcattggtttttgatttaattttggtcagGGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTTCTGGTATGGGCATATCAAGCAGTGACCCCTCCGCCTCCAAAGATATGTGGCTCTCCGAA
                                       atttaat  putative branch site (score: 4)
                            attggtttttgattta  TA-rich tract