1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tctattgatgcaattatttcttgagaatttctgaaggaatgtggaaaatcaaatgctttgagctgcccagattgttcctgatgatttcctacttggccagGCACTTCAAGCTGAATGTTTTCAACCATCCTCTTCTAGTGGAATGCCAGATGAAGTCACCACAATTGGTGGAGAGCAGGACACTCTGCAACAAGTGGAAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv06s0004g02610.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
aaatcaaatgctttgagctgcccagattgttcctgatgatttcctacttggccagGCACTTCAAGCTGAATGTTTTCAACCATCCTCTTCTAGTGGAATGCCAGATGAAGTCACCACAATTGGTGGAGAGCAGGACACTCTGCAACAAGTGGAAG
tcctgat putative branch site (score: 3)
tttcctactt putative PPT
atgattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tctattgatgcaattatttcttgagaatttctgaaggaatgtggaaaatcaaatgctttgagctgcccagattgttcctgatgatttcctacttggccagGCACTTCAAGCTGAATGTTTTCAACCATCCTCTTCTAGTGGAATGCCAGATGAAGTCACCACAATTGGTGGAGAGCAGGACACTCTGCAACAAGTGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - gatgcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - gaatgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaatcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgctttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctgccc