Mapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|349825380|gb|FQ418101.1|FQ418101EST: ACTGGACCCATCCCGGATGAGTTTGGAAACTGTTCATCTCTATACTTGCT GAGCATGTCCCATAATGAATTAAATGGTTCCATTCCCAAGTCCTTTGCAAT
genomic: ACTGGACCCATCCCGGATGAGTTTGGAAACTGTTCATCTCTATACTTGCTgtaagtccac ... tttgttccagGAGCATGTCCCATAATGAATTAAATGGTTCCATTCCCAAGTCCTTTGCAAT
EST:
gi|352773748|gb|FQ472530.1|FQ472530EST: ACTGGACCCATCCCGGATGAGTTTGGAAACTGTTCATCTCTATACTTGCT GAGCATGTCCCATAATGAATTAAATGGTTCCATTCCCAAGTCCTTTGCAAT
genomic: ACTGGACCCATCCCGGATGAGTTTGGAAACTGTTCATCTCTATACTTGCTgtaagtccac ... tttgttccagGAGCATGTCCCATAATGAATTAAATGGTTCCATTCCCAAGTCCTTTGCAAT
EST:
gi|349824081|gb|FQ417468.1|FQ417468EST: ACTGGACCCATCCCGGATGAGTTTGGAAACTGTTCATCTCTATACTTGCT GAGCATGTCCCATAATGAATTAAATGGTTCCATTCCCAAGTCCTTTGCAAT
genomic: ACTGGACCCATCCCGGATGAGTTTGGAAACTGTTCATCTCTATACTTGCTgtaagtccac ... tttgttccagGAGCATGTCCCATAATGAATTAAATGGTTCCATTCCCAAGTCCTTTGCAAT
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.ccactgattttttgatgatctatactgattgcgaatttgtgattctttgttccagGAGCATGTCCCATAATGAATTAAATGGTTCCATTCCCAAGTCCTTTGCAATGTTGAAGAAGCTGGAGATTCTGAGGCTAGAGTTCAATGAACTGAGCGGG
tactgat putative branch site (score: 2)
ttctttgttcc putative PPT
attttttgat TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gtaagtccactgttttttacagtaatccatacacattaatccactgattttttgatgatctatactgattgcgaatttgtgattctttgttccagGAGCATGTCCCATAATGAATTAAATGGTTCCATTCCCAAGTCCTTTGCAATGTTGAAGAAGCTGGAGATTCTGAGGCTAGAGTTCAATGAACTGAGCGGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT