Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtgctgaattcatttttttttcactcacagaaaaatagtctgaatagtgaaaaagcatattgcagttatggaatgttttcattatcttcaattactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAAGACCAAAGGCTCCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0020g04080.t01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv05s0020g04080.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os10g28350.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
gtgctgaattcatttt---tttttcactcacagaa-aaatagtctgaatagtgaaaaagcatattgcagttatggaatgttttcattatcttcaattactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAAGACCAAAGGCTCCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGG
      |||| ||| |   |   ||| |    |        || | | |  ||  ||  | | ||| | |  || | |||| |  ||  |  |||  |    ||||||  |    ||| ||  || | |||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||| || |||||||| || ||||| |||||  |     | |
-cagacaatttattgtaagtacatcatttgtggtgtgcggtgtttaagttctggtaat-cttgttg-attgttgtactgttctttttccccccaaaaaaaa-agGATGGTAAGACGGAGGTGATAGAAGCATGGTACATGGATGATAGCGAAGAGGACCAGAGGCTTCCTCATCACCGCGAACCCAAAGAATTCATTCATGTTG

upper sequence: Vv05s0020g04080.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA10G38940.3 (Glycine max), 3'ss of exon 1
gtgctgaattcatttttttttcactcaca-gaaaaatagtctgaatagtgaaaaagcatattgcagttatggaatgttttcatt--atcttcaattact-gcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAAGACCAAAGGCTCCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGG
        |||| || |||     | | | |||   |    | |  | |   ||   |||      |  |    | |||| | |  | | ||| ||  |   |||||    ||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||   || |||||||| ||||| || ||||
----ctttttcagttgtttagaggttatatgaattcttcattaagaaatcccaagaaataagaggatcttattttttttttaatcaaacgtcattttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAGATCAAAGACTCCCCCACCACAAAGAACCCAAGGAGTTTGTCTCGTTGG

upper sequence: Vv05s0020g04080.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA20G28860.2 (Glycine max), 3'ss of exon 1
gtgctgaattcatttttttttcactcacagaaaaatagtctgaatagtgaaaaagcatattgcagtta-tggaatgttttcattatcttcaattactgc--agGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAAGACCAAAGGCTCCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGG
   |||       |  ||||||| |    || |  |  | |||||  |  |  |  |  |  |  | | |   | | | | ||||| ||  |||  | |  |||||    ||||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||   || |||||||| ||||| || ||||
---ctgctgctgctactttttcagttgttgagaggttatatgaattcttcattaagaactcccgataaataagaggatcttattatttttcattttttcatagGATCCACGAGAGGATGTCCTTCAAGCCTGGTACATGGATGATAGTGATGAAGATCAAAGACTCCCCCACCACAAAGAACCCAAGGAGTTTGTCTCGTTGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|28959685|gb|CB339843.1|CB339843
EST:     GGGTTCGTTC-AG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: GGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|110713746|gb|EE089937.1|EE089937
EST:     GTGTTAAGAAATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: GTGTTAAGAAATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|30296431|gb|CB973225.1|CB973225
EST:     CCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|110701874|gb|EE079942.1|EE079942
EST:     GGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: GGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|33401763|gb|CF207390.1|CF207390
EST:     TGTTAAG-AATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCCCG                         TATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGACCATAGTGATGAA
genomic: TGTTAAGAAATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|110702193|gb|EE080629.1|EE080629
EST:     AAATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: AAATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|30304245|gb|CB981039.1|CB981039
EST:     GTGTTAAG-AATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTC-AG                         A
genomic: GTGTTAAGAAATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcag-
EST: gi|30304245|gb|CB981039.1|CB981039
EST:     GTGTTAAG-AATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTC-AG                         A
genomic: GTGTTAAGAAATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcag-
EST: gi|28958843|gb|CB339421.1|CB339421
EST:     GGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: GGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|34544397|gb|CF512629.1|CF512629
EST:     TTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: TTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|110410229|gb|EC975907.1|EC975907
EST:     CCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|110711319|gb|EE087674.1|EE087674
EST:     GTGTTAAGAAATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: GTGTTAAGAAATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|110370005|gb|EC934179.1|EC934179
EST:     CGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|351018907|gb|FQ426406.1|FQ426406
EST:     GTGTTAAGAAATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: GTGTTAAGAAATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|30303116|gb|CB979910.1|CB979910
EST:     CCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGAC-GATCAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGA
genomic: CCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGA-GAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGA
EST: gi|30305201|gb|CB981995.1|CB981995
EST:     CGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|110720418|gb|EE096325.1|EE096325
EST:     GTGTTAAGAAATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACATGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: GTGTTAAGAAATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|110723038|gb|EE099892.1|EE099892
EST:     CGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|71856794|gb|DT005849.1|DT005849
EST:     TGTTAAGAAATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: TGTTAAGAAATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|30304592|gb|CB981386.1|CB981386
EST:     CACCCGAAGANANTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|30295842|gb|CB972636.1|CB972636
EST:     GTGTTAAGAAATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: GTGTTAAGAAATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|110693433|gb|EE069670.1|EE069670
EST:     GTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: GTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|37183616|gb|CF602970.1|CF602970
EST:     CCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|34547073|gb|CF515305.1|CF515305
EST:     GAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: GAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|30300759|gb|CB977553.1|CB977553
EST:     CACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|71874369|gb|DT023424.1|DT023424
EST:     GGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: GGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|30298116|gb|CB974910.1|CB974910
EST:     ATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: ATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|30305264|gb|CB982058.1|CB982058
EST:     CGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|34545434|gb|CF513666.1|CF513666
EST:     GTGTTAAG-ATTTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: GTGTTAAGAAATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|26266055|gb|CA817118.1|CA817118
EST:     CCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTTGATGA
genomic: CCCGAAGGCAGTGGCTGAGAT-GGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAG-TGATGA
EST: gi|110361145|gb|EC924598.1|EC924598
EST:     GATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: GATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|110408280|gb|EC973912.1|EC973912
EST:     TTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: TTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|30304172|gb|CB980966.1|CB980966
EST:     ATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: ATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|28962565|gb|CB341598.1|CB341598
EST:     CACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACTGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|26261905|gb|CA812968.1|CA812968
EST:     TCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: TCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|30296126|gb|CB972920.1|CB972920
EST:     CACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|110376672|gb|EC941739.1|EC941739
EST:     AAGAAATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: AAGAAATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|110729733|gb|EE106009.1|EE106009
EST:     TAAGAAATTCACCCAAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: TAAGAAATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|26265385|gb|CA816448.1|CA816448
EST:     GTGTTAAG-AATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: GTGTTAAGAAATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|110409494|gb|EC975157.1|EC975157
EST:     TCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: TCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|26265446|gb|CA816509.1|CA816509
EST:     GTGTTAAGAAATTCACCCGATGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGGA
genomic: GTGTTAAGAAATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|110373668|gb|EC937924.1|EC937924
EST:     TCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: TCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|161706350|gb|FC056297.1|FC056297
EST:     GGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGAC-GAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: GGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|33407550|gb|CF213177.1|CF213177
EST:     CCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGATAGGAAGTCCTTCAGGCATGATATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|161708585|gb|FC060431.1|FC060431
EST:     GAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: GAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|22007489|gb|BQ792523.1|BQ792523
EST:     CGAA-GCAGT-GCTGAGAT-GGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|26257583|gb|CA808646.1|CA808646
EST:     AAGAAATTCACCCGAAGCCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: AAGAAATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|26257644|gb|CA808707.1|CA808707
EST:     GTGTTAAGAAA-TCACCCGAAGCCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAG                         GATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA
genomic: GTGTTAAGAAATTCACCCGAAGGCAGTGGCTGAGATGGGTTCGTTCAAGgtaagttcaa ... attactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agtgaaaaagcatattgcagttatggaatgttttcattatcttcaattactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAAGACCAAAGGCTCCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGG
                          aatgttttcattat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgctgaattcatttttttttcactcacagaaaaatagtctgaatagtgaaaaagcatattgcagttatggaatgttttcattatcttcaattactgcagGATGACAGAGAGGAAGTCCTACAGGCATGGTATATGGATGATAGTGATGAAGACCAAAGGCTCCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA
-tgctgaa
- - - - - - - - - - -cactcac
- - - - - - - - - - - - - - - aaaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcagtt