Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtgatcagtcttgcatatatatacaagcctcctagtgtcatgcccatgtccatagttgtgttttctttttttcttaacatatctgtgattgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACACTCTATACTTACTTGTCCATCTCCATGAATCCCCCGAAACCGGCATGCGA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv03s0038g03530.t01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71859614|gb|DT008669.1|DT008669
EST:     TTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAG
genomic: TTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGG-TGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAG
EST: gi|294966727|gb|GW837746.1|GW837746
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
EST: gi|352781098|gb|FQ466411.1|FQ466411
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
EST: gi|71858169|gb|DT007224.1|DT007224
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
EST: gi|161713977|gb|FC063162.1|FC063162
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
EST: gi|71866468|gb|DT015523.1|DT015523
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
EST: gi|110729570|gb|EE105654.1|EE105654
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
EST: gi|37186406|gb|CF605759.1|CF605759
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
EST: gi|161715453|gb|FC069041.1|FC069041
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
EST: gi|161719576|gb|FC067036.1|FC067036
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
EST: gi|161716566|gb|FC065244.1|FC065244
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
EST: gi|71866353|gb|DT015408.1|DT015408
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
EST: gi|71856969|gb|DT006024.1|DT006024
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTG
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTG
EST: gi|161718128|gb|FC065654.1|FC065654
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
EST: gi|161712259|gb|FC061882.1|FC061882
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccatgtccatagttgtgttttctttttttcttaacatatctgtgattgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACACTCTATACTTACTTGTCCATCTCCATGAATCCCCCGAAACCGGCATGCGA
                 ttttctttttttctta  TA-rich tract