Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgacttctcttttctttggtctttaacttttctttatctggtcacgagtttctcgtttgtggcacagGTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAAGTCGTCTCAAAGCTTGGATTGACATTTCCTGTTCCT

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ07797
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169076719|gb|FE485554.1|FE485554
EST:     GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAG                         GTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
genomic: GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAGgtgacttctc ... tgtggcacagGTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
EST: gi|169077950|gb|FE489853.1|FE489853
EST:     GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAG                         GTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGACCAAA
genomic: GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAGgtgacttctc ... tgtggcacagGTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
EST: gi|169055122|gb|FE462998.1|FE462998
EST:     GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAG                         GTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGACCAAA
genomic: GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAGgtgacttctc ... tgtggcacagGTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
EST: gi|169062633|gb|FE470303.1|FE470303
EST:     GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAG                         GTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
genomic: GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAGgtgacttctc ... tgtggcacagGTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
EST: gi|169102265|gb|FE506528.1|FE506528
EST:     GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAG                         GTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGACCAAA
genomic: GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAGgtgacttctc ... tgtggcacagGTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
EST: gi|169062632|gb|FE470302.1|FE470302
EST:     CTGCTCATACAATGGAGAAG                         GTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
genomic: CTGCTCATACAATGGAGAAGgtgacttctc ... tgtggcacagGTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
EST: gi|169049216|gb|FE459492.1|FE459492
EST:     GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAG                         GTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
genomic: GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAGgtgacttctc ... tgtggcacagGTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
EST: gi|169049585|gb|FE457729.1|FE457729
EST:     GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAG                         GTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
genomic: GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAGgtgacttctc ... tgtggcacagGTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
EST: gi|169048028|gb|FE456028.1|FE456028
EST:     GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAG                         GTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
genomic: GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAGgtgacttctc ... tgtggcacagGTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
EST: gi|169044392|gb|FE453330.1|FE453330
EST:     GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAG                         GTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGACCAAA
genomic: GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAGgtgacttctc ... tgtggcacagGTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
EST: gi|169049584|gb|FE457728.1|FE457728
EST:     GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAG                         GTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
genomic: GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAGgtgacttctc ... tgtggcacagGTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
EST: gi|169077949|gb|FE489852.1|FE489852
EST:     GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAG                         GTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGACCAAA
genomic: GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAGgtgacttctc ... tgtggcacagGTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
EST: gi|169058265|gb|FE466019.1|FE466019
EST:     GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAG                         GTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGACCAAA
genomic: GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAGgtgacttctc ... tgtggcacagGTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
EST: gi|169047574|gb|FE455158.1|FE455158
EST:     GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAG                         GTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGACCAAA
genomic: GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAGgtgacttctc ... tgtggcacagGTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
EST: gi|169049215|gb|FE459491.1|FE459491
EST:     GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAG                         GTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
genomic: GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAGgtgacttctc ... tgtggcacagGTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
EST: gi|169047058|gb|FE455098.1|FE455098
EST:     GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAG                         GTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
genomic: GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAGgtgacttctc ... tgtggcacagGTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
EST: gi|169048029|gb|FE456029.1|FE456029
EST:     GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAG                         GTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
genomic: GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAGgtgacttctc ... tgtggcacagGTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
EST: gi|169076720|gb|FE485555.1|FE485555
EST:     GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAG                         GTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
genomic: GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAGgtgacttctc ... tgtggcacagGTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
EST: gi|169036384|gb|FE445749.1|FE445749
EST:     GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAG                         GTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
genomic: GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAGgtgacttctc ... tgtggcacagGTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA
EST: gi|169102264|gb|FE506527.1|FE506527
EST:     GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAG                         GTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGACCAAA
genomic: GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAGgtgacttctc ... tgtggcacagGTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 34 (downstream exon)
Score: 138

GGAGGTGGTGCTGCTCATACAATGGAGAAGgtgacttctc ... tgtggcacagGTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAAGTCGTCTCAAAGCTTGGATTGACATTTCCTGTTCCT




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctttggtctttaacttttctttatctggtcacgagtttctcgtttgtggcacagGTTGTCGATGCCATGGCTAAACAATGCATAATTCTGGTCGATCAGTCCAAAGTCGTCTCAAAGCTTGGATTGACATTTCCTGTTCCT
        ctttaac  putative branch site (score: 138)
                                    tttctcgttt  putative PPT
         tttaacttttctttat  TA-rich tract