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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgcagaaacaaaaaccgaatgcataagcttaacttttggaactatcagGTCATCGGTGTCACGACGAAGGGTATTATGGTGTTCGTACCCAAATACGATCTCCGTGGTCTCGTGCTTCTGGAG

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ09873
intron # 30
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169040119|gb|FE448093.1|FE448093
EST:     TCTATTTACTGATGTTTCTCCAGAAACAAGCCAAAGCAGAGCTTGCTGTG                         GTCATCGGTGTCACGACGAAGGGTATTATGGTGTTCGTACCCAAATACGAT
genomic: TCTATTTACTGATGTTTCTCCAGAAACAAGCCAAAGCAGAGCTTGCTGTGgtacgcagaa ... gaactatcagGTCATCGGTGTCACGACGAAGGGTATTATGGTGTTCGTACCCAAATACGAT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtacgcagaaacaaaaaccgaatgcataagcttaacttttggaactatcagGTCATCGGTGTCACGACGAAGGGTATTATGGTGTTCGTACCCAAATACGATCTCCGTGGTCTCGTGCTTCTGGAG
                                 gcttaac  putative branch site (score: 3)
                aaacaaaaa  TA-rich tract