1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
21 5' 3' |
gtctcaacaatctcctactggcgtattacctcaatcgtcaattcattttattacccattaataaatcccttttaattaaattcgatcatgaactttatgataagtaatttatgcattttcgtttcatgacatgagattcacagtatttgttgtgatattttctatgctgtttcttgcagTCCGGACGTCCGTGTTTATGCATATGCAGCTGCTCAGGTCAAGAAGGCGATAGAG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S180_53V6.2 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACTGCCCAGCTTTTCAAGCACCCACGTTACATGCATGGAGCTGCTACAAG TCCGGACGTCCGTGTTTATGCATATGCAGCTGCTCAGGTCAAGAAGGCGATEST: gi|100392407|gb|BY953347.1|BY953347
genomic: ACTGCCCAGCTTTTCAAGCACCCACGTTACATGCATGGAGCTGCTACAAGgtctcaacaa ... tttcttgcagTCCGGACGTCCGTGTTTATGCATATGCAGCTGCTCAGGTCAAGAAGGCGAT
EST: CTGCCCAGCTTTTTCA-GCACCCACGTTACATGCATGGAGCTGCTACAAG TCCGGACGGTC-GTGTTTATGCATATGCAGCTGCTCAGGTCAAGAAGGCGAEST: gi|100404244|gb|BY955328.1|BY955328
genomic: CTGCCCAGCTTTT-CAAGCACCCACGTTACATGCATGGAGCTGCTACAAGgtctcaacaa ... tttcttgcagTCCGGACG-TCCGTGTTTATGCATATGCAGCTGCTCAGGTCAAGAAGGCGA
EST: ACTGCCCAGCTTTTCAAGCACCCACGTTACATGCATGGAGCTGCTACAAG TCCGGACGTCCGTGTTTATGCATATGCAGCTGCTCAGGTCAAGAAGGCGATEST: gi|100398077|gb|BY954076.1|BY954076
genomic: ACTGCCCAGCTTTTCAAGCACCCACGTTACATGCATGGAGCTGCTACAAGgtctcaacaa ... tttcttgcagTCCGGACGTCCGTGTTTATGCATATGCAGCTGCTCAGGTCAAGAAGGCGAT
EST: CTGCCCAGCTTTTCAAGCACCCACGGTACATGCATGGAGCTGCTACAAAG TCGGGACGTC-GTGTTTATGCATATGCAGCTGCTCAGGTCAAGAAGGCGA
genomic: CTGCCCAGCTTTTCAAGCACCCACGTTACATGCATGGAGCTGCTACAA-Ggtctcaacaa ... tttcttgcagTCCGGACGTCCGTGTTTATGCATATGCAGCTGCTCAGGTCAAGAAGGCGA
catgacatgagattcacagtatttgttgtgatattttctatgctgtttcttgcagTCCGGACGTCCGTGTTTATGCATATGCAGCTGCTCAGGTCAAGAAGGCGATAGAG
ctgtttctt CT-rich tract
atattttctat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtctcaacaatctcctactggcgtattacctcaatcgtcaattcattttattacccattaataaatcccttttaattaaattcgatcatgaactttatgataagtaatttatgcattttcgtttcatgacatgagattcacagtatttgttgtgatattttctatgctgtttcttgcagTCCGGACGTCCGTGTTTATGCATATGCAGCTGCTCAGGTCAAGAAGGCGATAGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG