1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
gtacggtttctcaattaatacgcttttgaattccctttaccttgtgtcttaaatttgtctgcgcactgtgttcatttgtgaatcctgaaagagagtttgaaacatgcaccgagagaattcgaggtaccttgtaaaatttctcaaatggatggggctgttcgttatggttaacagCATGGGATTCTGCGGGAAAAGCAAAGCAGACTGTTTTTAGTGTGGAGCAGTTGGAGAAGATGATGGAGGACCCAACAGTTCAAAAGATGGTTTATCC
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S110_13V6.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCTAAGGGTGGAAGCTACAGTGGAGCCGGGGCTGGTCCTTCGAACGACC CATGGGATTCTGCGGGAAAAGCAAAGCAGACTGTTTTTAGTGTGGAGCAGTEST: gi|162183778|gb|FC360695.1|FC360695
genomic: TTCTAAGGGTGGAAGCTACAGTGGAGCCGGGGCTGGTCCTTCGAACGACCgtacggtttc ... tggttaacagCATGGGATTCTGCGGGAAAAGCAAAGCAGACTGTTTTTAGTGTGGAGCAGT
EST: TTCTAAGGGTGGAAGCTACAGTGGAGCCGGGGCTGGTCCTTCGAACGACC CATGGGATTCTGCGGGAAAAGCAAAGCAGACTGTTTTTAGTGTGGAGCAGT
genomic: TTCTAAGGGTGGAAGCTACAGTGGAGCCGGGGCTGGTCCTTCGAACGACCgtacggtttc ... tggttaacagCATGGGATTCTGCGGGAAAAGCAAAGCAGACTGTTTTTAGTGTGGAGCAGT
cgaggtaccttgtaaaatttctcaaatggatggggctgttcgttatggttaacagCATGGGATTCTGCGGGAAAAGCAAAGCAGACTGTTTTTAGTGTGGAGCAGTTGGAGAAGATGATGGAGGACCCAACAGTTCAAAAGATGGTTTATCC
taaaatttctcaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtacggtttctcaattaatacgcttttgaattccctttaccttgtgtcttaaatttgtctgcgcactgtgttcatttgtgaatcctgaaagagagtttgaaacatgcaccgagagaattcgaggtaccttgtaaaatttctcaaatggatggggctgttcgttatggttaacagCATGGGATTCTGCGGGAAAAGCAAAGCAGACTGTTTTTAGTGTGGAGCAGTTGGAGAAGATGATGGAGGACCCAACAGTTCAAAAGATGGTTTATCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG