1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtatgtgttgagacttaatccctacagtttttttatcgccttgtagttgtcacgttatcctatgtatttatttgtttcactacagggccaatttcttcgaccatggatttgctcttttgctgacacgcctatccaatgaacgtaatgaaaattcagACTCTTCCTTGATATTCTGCACACGATACCTGTTGTGGTGGTCGATTCTCGCAAAGAAGTGGACGAGGTGAAAGAGCTTCTTGGGATTGCTAAGGAGTAT
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S86_189V6.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGGTTGCATACAAGACGACTACAGAGGGCAAATTCACCGAGGCGCTTCG ACTCTTCCTTGATATTCTGCACACGATACCTGTTGTGGTGGTCGATTCTCGEST: gi|67508348|gb|BJ941216.1|BJ941216
genomic: AAGGTTGCATACAAGACGACTACAGAGGGCAAATTCACCGAGGCGCTTCGgtatgtgttg ... gaaaattcagACTCTTCCTTGATATTCTGCACACGATACCTGTTGTGGTGGTCGATTCTCG
EST: AGGGTTGCATACAAGACGACTACAGAGGGCAAATTCACCGAGGCGCTTCG ACTCTTCCTTGATATTCTGCACACGATACCTGTTGTGGTGGTCGATTCTCG
genomic: A-GGTTGCATACAAGACGACTACAGAGGGCAAATTCACCGAGGCGCTTCGgtatgtgttg ... gaaaattcagACTCTTCCTTGATATTCTGCACACGATACCTGTTGTGGTGGTCGATTCTCG
catggatttgctcttttgctgacacgcctatccaatgaacgtaatgaaaattcagACTCTTCCTTGATATTCTGCACACGATACCTGTTGTGGTGGTCGATTCTCGCAAAGAAGTGGACGAGGTGAAAGAGCTTCTTGGGATTGCTAAGGAGTAT
tgctgac putative branch site (score: 3)
taatgaaaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtgttgagacttaatccctacagtttttttatcgccttgtagttgtcacgttatcctatgtatttatttgtttcactacagggccaatttcttcgaccatggatttgctcttttgctgacacgcctatccaatgaacgtaatgaaaattcagACTCTTCCTTGATATTCTGCACACGATACCTGTTGTGGTGGTCGATTCTCGCAAAGAAGTGGACGAGGTGAAAGAGCTTCTTGGGATTGCTAAGGAGTAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG