1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtaagcaatgaatgcttttcctttctcaacagatcgttcagatgccttttgccttgtctttctgtgcagtcagtctctgttgtcaagaattctctcttaagtctttgttggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCGGTGAACTTCATTATAGTTATTATCCAGTTCAAGAGGTACCAGCCGAGGC
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S39_347V6.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCGEST: gi|7067446|gb|AW497301.1|AW497301
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: TATTTAC-ATGCGACTTTCCG-GATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG TTTATTATGTCGGACCGGCTGCGTGGAAGAAEST: gi|7286872|gb|AW599359.1|AW599359
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAA
EST: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGANAATGTCAGGTGACGATGTCGEST: gi|67697970|gb|BJ958203.1|BJ958203
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCGEST: gi|67727381|gb|BJ977640.1|BJ977640
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCGEST: gi|208365548|gb|DC954789.1|DC954789
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCGEST: gi|67693026|gb|BJ953259.1|BJ953259
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCGEST: gi|15320288|gb|BI488085.1|BI488085
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCGEST: gi|162182672|gb|FC360342.1|FC360342
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: TATTTCCCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCGEST: gi|7583925|gb|AW699826.1|AW699826
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCATGTGACGATGTCGEST: gi|7148045|gb|AW509967.1|AW509967
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG TTTATTATGTCEST: gi|67721077|gb|BJ971336.1|BJ971336
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTC
EST: ATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCGEST: gi|208395764|gb|DC924230.1|DC924230
genomic: ATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCGEST: gi|67726029|gb|BJ976288.1|BJ976288
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCGEST: gi|15320057|gb|BI487506.1|BI487506
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCGEST: gi|208368061|gb|DC947621.1|DC947621
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCGEST: gi|18336151|gb|BJ168173.1|BJ168173
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCGEST: gi|208350967|gb|DC925972.1|DC925972
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCGEST: gi|22492653|gb|BU052576.1|BU052576
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCGEST: gi|22131737|gb|BQ826774.1|BQ826774
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCGEST: gi|208359388|gb|DC954241.1|DC954241
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
gtgcagtcagtctctgttgtcaagaattctctcttaagtctttgttggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCGGTGAACTTCATTATAGTTATTATCCAGTTCAAGAGGTACCAGCCGAGGC
tctttgtt CT-rich tract
aagaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagcaatgaatgcttttcctttctcaacagatcgttcagatgccttttgccttgtctttctgtgcagtcagtctctgttgtcaagaattctctcttaagtctttgttggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCGGTGAACTTCATTATAGTTATTATCCAGTTCAAGAGGTACCAGCCGAGGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG