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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattacacttaaaatccagatcaaggatctgtgaacatggtggacggttattatcttgattttttttcatttgattttcttgattttgtatcttagatggccattctttgcatcaactcatttctgtacttgttgactatgtttgtttgttgctcattttttacagCTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTCTATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S39_347V6.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S39_347V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT1G13060.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 6
gtaattacacttaaaatccagatcaaggatctgtgaacatggtggacggttattatcttgattttttttcatttgattttcttgattttgtatcttagatggccattctttgcatcaactcatttctgtacttgttgactatgtttgtttgttgctcattttttacagCTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTCTATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGT
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----------------------------------------gtaagtcatttcccaaacaacatcttcatcgctt--ttgtcccaatctcaaaggctaaa-aaccaaaatcta-atgatgttagttaagcaaccgtttcatatttatgatt-ttacttgcatcat-cagGTACAAATATGATATGTCAGTTGAAGAAGCTTCCGAGTTAGCAAGGAGATCAATCTACCATGCGACATTCCGTGATGGAGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGC

upper sequence: PP1S39_347V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT3G26340.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 6
gtaattacacttaaaatccagatcaaggatctgtgaacatggtggacggttattatcttgattttttttcatttgattttcttgattttgtatcttagatggccattctttgcatcaactcatttctgtact-tgttgactatgtttgtttgttgctcatttttta-cagCTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTCTATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGT
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-------------------------------------------gtacgtat-ctatttcaagatatcatcatt-gccctacttctcttttagtcaaagcc--caaaccaaaactagatcttgctttactattataaccactcaatcttatggttctttttttgttaacagATACAAATTCGATATGTCGGTTGAAGAAGCCTCAGAGTTAGCAAGGAGATCCATCTACCATGCTACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCTAGC

upper sequence: PP1S39_347V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv01s0010g02900.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
gtaattacacttaaaatccagatcaaggatctgtgaacatggtggacggttattatcttgattttttttcatttgattttcttgattttgtatcttagatggccattctttgcatcaactcatttctgtacttgttgactatgtttgtttgttgctcattttttacagCTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTCTATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGT
                                                          || ||||   |  |  ||| |  |  ||| ||  | ||      |  ||||||  ||||  | |||  | ||  |||| | | |  ||||| |||| ||| |  |  ||| |     |  ||||||||| | || ||||| |  ||  | ||| | || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || |  || 
---------------------------------------------------------gtgtttttgcatggtcagatctcatgtattctgagtgtt------ctgttctttaaatcatattattcttata--tgtt-atttttcttgtt-gttg-tcactcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATCTATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208375166|gb|DC945316.1|DC945316
EST:     TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGG                         CTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
genomic: TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGGgtaattacac ... ttttttacagCTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
EST: gi|7067446|gb|AW497301.1|AW497301
EST:     NTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGG                         CTNTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCCTGCTCGTCGT-C
genomic: TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGGgtaattacac ... ttttttacagCTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
EST: gi|7286872|gb|AW599359.1|AW599359
EST:     TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGG                         CTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
genomic: TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGGgtaattacac ... ttttttacagCTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
EST: gi|19785617|gb|BQ040349.1|BQ040349
EST:     TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGG                         CTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
genomic: TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGGgtaattacac ... ttttttacagCTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
EST: gi|67697970|gb|BJ958203.1|BJ958203
EST:     TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGG                         CTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
genomic: TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGGgtaattacac ... ttttttacagCTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
EST: gi|67727381|gb|BJ977640.1|BJ977640
EST:     TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGG                         CTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
genomic: TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGGgtaattacac ... ttttttacagCTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
EST: gi|208365548|gb|DC954789.1|DC954789
EST:     TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGG                         CTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
genomic: TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGGgtaattacac ... ttttttacagCTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
EST: gi|67693026|gb|BJ953259.1|BJ953259
EST:     TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGG                         CTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
genomic: TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGGgtaattacac ... ttttttacagCTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
EST: gi|15320288|gb|BI488085.1|BI488085
EST:     TTATGCATATGGTGTACTCGATACAGG                         CTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
genomic: TTATGCATATGGTGTACTCGATACAGGgtaattacac ... ttttttacagCTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
EST: gi|162182672|gb|FC360342.1|FC360342
EST:     TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGG                         CTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
genomic: TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGGgtaattacac ... ttttttacagCTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
EST: gi|7583925|gb|AW699826.1|AW699826
EST:     TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGG                         CTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
genomic: TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGGgtaattacac ... ttttttacagCTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
EST: gi|7148045|gb|AW509967.1|AW509967
EST:     TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGG                         CTATAACTGGGATATGTCTATCGACGAATCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
genomic: TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGGgtaattacac ... ttttttacagCTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
EST: gi|208395764|gb|DC924230.1|DC924230
EST:     TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGG                         CTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
genomic: TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGGgtaattacac ... ttttttacagCTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
EST: gi|67726029|gb|BJ976288.1|BJ976288
EST:     TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGG                         CTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
genomic: TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGGgtaattacac ... ttttttacagCTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
EST: gi|15320057|gb|BI487506.1|BI487506
EST:     TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGG                         CTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
genomic: TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGGgtaattacac ... ttttttacagCTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
EST: gi|208368061|gb|DC947621.1|DC947621
EST:     TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGG                         CTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
genomic: TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGGgtaattacac ... ttttttacagCTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
EST: gi|18336151|gb|BJ168173.1|BJ168173
EST:     TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGG                         CTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
genomic: TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGGgtaattacac ... ttttttacagCTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
EST: gi|208350967|gb|DC925972.1|DC925972
EST:     TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGG                         CTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
genomic: TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGGgtaattacac ... ttttttacagCTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
EST: gi|22492653|gb|BU052576.1|BU052576
EST:     TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGG                         CTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
genomic: TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGGgtaattacac ... ttttttacagCTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
EST: gi|22131737|gb|BQ826774.1|BQ826774
EST:     TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGG                         CTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
genomic: TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGGgtaattacac ... ttttttacagCTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
EST: gi|208359388|gb|DC954241.1|DC954241
EST:     TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGG                         CTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC
genomic: TTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGGgtaattacac ... ttttttacagCTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcaactcatttctgtacttgttgactatgtttgtttgttgctcattttttacagCTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTCTATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGT
                   tgttgac  putative branch site (score: 3)
                                         ctcatttttt  putative PPT
                                          tcatttttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaattacacttaaaatccagatcaaggatctgtgaacatggtggacggttattatcttgattttttttcatttgattttcttgattttgtatcttagatggccattctttgcatcaactcatttctgtacttgttgactatgtttgtttgttgctcattttttacagCTTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTCTATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGT

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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG