Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgcagcgcggctcaccaattttgtaactcttcaaaagttcaaatactcgtgtcgcaaatctggaatgaactcccgttcgcttgagactaacaaatctttatgaaaagggtgatgatgcccagcaatctggatggatcccagcagcctattcacaattgtgtgcttttataatgcagCCCTTCCGAGATATGATTGATGGGATGAGGATGGATATGGTGAAATCGAGATATGCCAATTTTGACGAACTCTACCTGTACTGTTACAATGTAGCCGGCA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S134_62V6.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162217988|gb|FC393672.1|FC393672
EST:     TGGATGCTGCACTTGCTGATACAGTCACCAAATTTCCTGTCGATATTCAG                         CCCTTCCGAGATATGATTGATGGGATGAGGATGGATATGGTGAAATCGAGA
genomic: TGGATGCTGCACTTGCTGATACAGTCACCAAATTTCCTGTCGATATTCAGgtacgcagcg ... tataatgcagCCCTTCCGAGATATGATTGATGGGATGAGGATGGATATGGTGAAATCGAGA
EST: gi|162151664|gb|FC327793.1|FC327793
EST:     TGGATGCTGCACTTGCTGATACAGTCACCAAATTTCCTGTCGATATTCAG                         CCCTTCCGAGATATGATTGATGGGATGAGGATGGATATGGTGAAATCGAGA
genomic: TGGATGCTGCACTTGCTGATACAGTCACCAAATTTCCTGTCGATATTCAGgtacgcagcg ... tataatgcagCCCTTCCGAGATATGATTGATGGGATGAGGATGGATATGGTGAAATCGAGA
EST: gi|18358449|gb|BJ190508.1|BJ190508
EST:     TGGATGCTGCACTTGCTGATACAGTCACCAAATTTCCTGTCGATATTCAG                         CCCTTCCGAGATATGATTGATGGGATGAGGATGGATATGGTGAAATCGAGA
genomic: TGGATGCTGCACTTGCTGATACAGTCACCAAATTTCCTGTCGATATTCAGgtacgcagcg ... tataatgcagCCCTTCCGAGATATGATTGATGGGATGAGGATGGATATGGTGAAATCGAGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcaatctggatggatcccagcagcctattcacaattgtgtgcttttataatgcagCCCTTCCGAGATATGATTGATGGGATGAGGATGGATATGGTGAAATCGAGATATGCCAATTTTGACGAACTCTACCTGTACTGTTACAATGTAGCCGGCA
                                       tgctttt  CT-rich tract
                                          ttttataat  TA-rich tract