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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttcagggtttctcgtgctacttgaattactttcatggcattgcgaaaggcattgtctgcataactgattagattgcgggagaattgtaatgtggttctaggctgctatgtatgagttccttaatttttgtctctgggtgtcaatcgtttctcatcacagGCCAAACTACCGCCATCAGAGATTGCATCAGCAATTGACCAGTTCCGGTCCAACCATCTCTCAGAACTCACAGAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S262_91V6.1
intron # 22
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162184857|gb|FC361159.1|FC361159
EST:     CAGAGACACTGGAGCCGAGTTTGCAGCTAGCAGCCGCTATTCTTGCTCAG                         GCCAAACTACCGCCATCAGAGATTGCATCAGCAATTGACCAGTTCCGGTCC
genomic: CAGAGACACTGGAGCCGAGTTTGCAGCTAGCAGCCGCTATTCTTGCTCAGgttcagggtt ... ctcatcacagGCCAAACTACCGCCATCAGAGATTGCATCAGCAATTGACCAGTTCCGGTCC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctatgtatgagttccttaatttttgtctctgggtgtcaatcgtttctcatcacagGCCAAACTACCGCCATCAGAGATTGCATCAGCAATTGACCAGTTCCGGTCCAACCATCTCTCAGAACTCACAGAG
             ccttaat  putative branch site (score: 4)
                                       tcgtttctc  putative PPT
               ttaatttttgt  TA-rich tract