Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacggtataaccgtcaactcaagaaaatgtggagtcaactgctttgatgcatatagttacgaactgtacacgttttcatacttcccggtgaatatgagatcttcttgtcgttagttgttttacataattccttacttgttctcccgattgtgcaacagGAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCTCGACAACTTTCCTCCCAATTTTTGGGTAAAGTAATTGAGGGCATCTGGC

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S79_2V6.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100377489|gb|BY986274.1|BY986274
EST:     ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAAAAGTCTTCAAATTATGGCACAG                         GAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT
genomic: ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAAAAGTCTTCAAATTATGGCACAGgtacggtata ... tgtgcaacagGAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT
EST: gi|22491715|gb|BU051638.1|BU051638
EST:     ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAAAAGTCTTCAAATTATGGCACAG                         GAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT
genomic: ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAAAAGTCTTCAAATTATGGCACAGgtacggtata ... tgtgcaacagGAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT
EST: gi|67572768|gb|BJ945592.1|BJ945592
EST:     ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAAAAGTCTTCAAATTATGGCACAG                         GAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT
genomic: ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAAAAGTCTTCAAATTATGGCACAGgtacggtata ... tgtgcaacagGAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT
EST: gi|22492128|gb|BU052051.1|BU052051
EST:     ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAAAAGTCTTCAAATTATGGCACAG                         GAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT
genomic: ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAAAAGTCTTCAAATTATGGCACAGgtacggtata ... tgtgcaacagGAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT
EST: gi|18346655|gb|BJ178700.1|BJ178700
EST:     ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAAAAGTCTTCAAATTATGGCACAG                         GAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT
genomic: ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAAAAGTCTTCAAATTATGGCACAGgtacggtata ... tgtgcaacagGAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT
EST: gi|100446638|gb|CJ970937.1|CJ970937
EST:     ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAAAAGTCTTCAAATTATGGCACAG                         GAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT
genomic: ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAAAAGTCTTCAAATTATGGCACAGgtacggtata ... tgtgcaacagGAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT
EST: gi|100356888|gb|BY965329.1|BY965329
EST:     ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAAAAGTCTTCAAATTATGGCACAG                         GAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT
genomic: ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAAAAGTCTTCAAATTATGGCACAGgtacggtata ... tgtgcaacagGAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT
EST: gi|18351003|gb|BJ183054.1|BJ183054
EST:     ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAAAAGTCTTCAAATTATGGCACAG                         GAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT
genomic: ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAAAAGTCTTCAAATTATGGCACAGgtacggtata ... tgtgcaacagGAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT
EST: gi|162197741|gb|FC374991.1|FC374991
EST:     ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAAAAGTCTTCAAATTATGGCACAG                         GAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT
genomic: ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAAAAGTCTTCAAATTATGGCACAGgtacggtata ... tgtgcaacagGAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT
EST: gi|100400044|gb|BY990750.1|BY990750
EST:     ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAAAAGTCTTCAAATTATGGCACAG                         GAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT
genomic: ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAAAAGTCTTCAAATTATGGCACAGgtacggtata ... tgtgcaacagGAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT
EST: gi|162205973|gb|FC382758.1|FC382758
EST:     ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAAAAGTCTTCAAATTATGGCACAG                         GAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT
genomic: ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAAAAGTCTTCAAATTATGGCACAGgtacggtata ... tgtgcaacagGAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT
EST: gi|18326173|gb|BJ158172.1|BJ158172
EST:     ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAAAAGTCTTCAAATTATGGCACAG                         GAAGGATGGGAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT
genomic: ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAAAAGTCTTCAAATTATGGCACAGgtacggtata ... tgtgcaacagGAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT
EST: gi|18355611|gb|BJ187670.1|BJ187670
EST:     ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAAAAGTCTTCAAATTATGGCACAG                         GAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT
genomic: ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAAAAGTCTTCAAATTATGGCACAGgtacggtata ... tgtgcaacagGAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT
EST: gi|18355136|gb|BJ187195.1|BJ187195
EST:     ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAGAAGTCTTCAAATTATGGCACAG                         GAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT
genomic: ACTATCACAGATTTTCCGACTCTGAGAAAAGTCTTCAAATTATGGCACAGgtacggtata ... tgtgcaacagGAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttgtcgttagttgttttacataattccttacttgttctcccgattgtgcaacagGAAGGATGGAAGGTGGAGCTTTATGTATATGACCTTAGCCAAGGGTTAGCTCGACAACTTTCCTCCCAATTTTTGGGTAAAGTAATTGAGGGCATCTGGC
                         tccttac  putative branch site (score: 2)
           ttgttttacataatt  TA-rich tract