1 5' 3' | 2 5' 3' |
gtagcggacgaacccttgcaatgtggtgatgtatgggaatacgtagtgaagttggaaagagagatgtaatcgggattgaaatggattcgcagagggttcacggtgatggacatgaggtttgaggatgcagagtgagttatgggagggtttggtgtgttgtggatgtggttgttaacgtggaggatggcatcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATTTTCGCTGAGGCGCTTGCCTTGTATGGACTGATCGTCGGCATTATCTTG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S45_100V6.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|6167364|gb|AW145628.1|AW145628
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|162249537|gb|FC426469.1|FC426469
genomic: GCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|37833247|gb|BJ591259.1|BJ591259
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|7286495|gb|AW598982.1|AW598982
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|208382900|gb|DC928325.1|DC928325
genomic: GCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|162239793|gb|FC417192.1|FC417192
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|37833369|gb|BJ591381.1|BJ591381
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|18339672|gb|BJ171699.1|BJ171699
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|162249538|gb|FC426470.1|FC426470
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|37828255|gb|BJ586267.1|BJ586267
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|162239794|gb|FC417193.1|FC417193
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|37829944|gb|BJ587956.1|BJ587956
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|67693162|gb|BJ953395.1|BJ953395
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|67700019|gb|BJ960252.1|BJ960252
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|19787589|gb|BQ040646.1|BQ040646
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|208388270|gb|DC956992.1|DC956992
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|37829724|gb|BJ587736.1|BJ587736
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|37824068|gb|BJ582134.1|BJ582134
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|208346445|gb|DC917398.1|DC917398
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|208366239|gb|DC947511.1|DC947511
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
gggtttggtgtgttgtggatgtggttgttaacgtggaggatggcatcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATTTTCGCTGAGGCGCTTGCCTTGTATGGACTGATCGTCGGCATTATCTTG
tgttaac putative branch site (score: 59)
ttgttaa TA-rich tract