1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtttgtgacagttttcgaagttgcttatttagtttctattagtccgctgtcctgcgctggatgagttttatagtcataatattgtgtgctgagccctaagttttttgtgctgccttggtgtactgctgcctcagCGCCACGCCAAGTCACTTAAACGTCTCGCAGCTGGGAAGCTTAAAGTTCAATTAAATAGTGATGGAGAAGAAGAGGATGAGGCAGAAACTCACTCTGAGC
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S79_108V6.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGGTCCTTTGTTTATCTGATGAAACAATGAAGGCGCATTTGCAATCGAAG CGCCACGCCAAGTCACTTAAACGTCTCGCAGCTGGGAAGCTTAAAGTTCAAEST: gi|67575197|gb|BJ948021.1|BJ948021
genomic: AGGTCCTTTGTTTATCTGATGAAACAATGAAGGCGCATTTGCAATCGAAGgtttgtgaca ... gctgcctcagCGCCACGCCAAGTCACTTAAACGTCTCGCAGCTGGGAAGCTTAAAGTTCAA
EST: AGGTCCTTTGTTTATCTGATGAAACAATGAAGGCGCATTTGCAATCGAAG CGCCACGCCAAGTCACTTAAACGTCTCGCAGCTGGGAAGCTTAAAGTTCAAEST: gi|208372426|gb|DC936514.1|DC936514
genomic: AGGTCCTTTGTTTATCTGATGAAACAATGAAGGCGCATTTGCAATCGAAGgtttgtgaca ... gctgcctcagCGCCACGCCAAGTCACTTAAACGTCTCGCAGCTGGGAAGCTTAAAGTTCAA
EST: AGGTCCTTTGTTTATCTGATGAAACAATGAAGGCGCATTTGCAATCGAAG CGCCACGCCAAGTCACTTAAACGTCTCGCAGCTGGGAAGCTTAAAGTTCAA
genomic: AGGTCCTTTGTTTATCTGATGAAACAATGAAGGCGCATTTGCAATCGAAGgtttgtgaca ... gctgcctcagCGCCACGCCAAGTCACTTAAACGTCTCGCAGCTGGGAAGCTTAAAGTTCAA
tattgtgtgctgagccctaagttttttgtgctgccttggtgtactgctgcctcagCGCCACGCCAAGTCACTTAAACGTCTCGCAGCTGGGAAGCTTAAAGTTCAATTAAATAGTGATGGAGAAGAAGAGGATGAGGCAGAAACTCACTCTGAGC
ctgcctc CT-rich tract
taagtttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttgtgacagttttcgaagttgcttatttagtttctattagtccgctgtcctgcgctggatgagttttatagtcataatattgtgtgctgagccctaagttttttgtgctgccttggtgtactgctgcctcagCGCCACGCCAAGTCACTTAAACGTCTCGCAGCTGGGAAGCTTAAAGTTCAATTAAATAGTGATGGAGAAGAAGAGGATGAGGCAGAAACTCACTCTGAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG