Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagaactgcaaatgtttttcaagtgtctgaatctgtaaagtaggatattttcgttttgactcgattagcgattttggtgtcaagtgctatatcaattatgacttatttgagatcggattcgtaggcaatctgtactcactctcatttcttctccatgtggtatgtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCTCCAAAGTGGTCCCATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTTGTATGGATG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g49200.2
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g49200.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G001713_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
gtaagaactgcaaatgtttttcaagtgtctgaatctgtaaagtaggatattttcgttttgactcgattagcgattttggtgtcaagtgctatatcaattatgacttatttgagatcggattcgtaggcaatctgtactcactctcatttcttctccatgtggtatgtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGT---CTCCAAAGTGGTCCCATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTTGTATGGATG
         |  | | || |  |     |    ||||||  ||   |||   |    |  ||||        ||  |   |  ||         ||||  || ||||| | |    ||  ||         ||||||   |  |  ||||||  | || || |||  ||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||   ||| | |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||   
---------gtgagtattgtaaa-----caatgtctgtagtgtgacatagcctgccatgaactc--------atgataacgataaccatctgggcaatcctgtcttatatta---tggtgtc--------cctgtacct-catttgtttctttgctatatgctatacaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGGTCTCAAGAGTGATCCAATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTGGTATGG---

upper sequence: LOC_Os05g49200.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G370357_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
gtaagaactgcaaatgtttttcaagtgtctgaatctgtaaagtaggatattttcgttttgactcgattagcgattttggtgtcaagtgctatatcaattatgacttatttgagatcggattcgtaggcaatctgtactcactctcatttcttctccatgtggtatgtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGT---CTCCAAAGTGGTCCCATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTTGTATGGATG
                             ||| | |   ||  |  || | |    | ||||       || ||     |    |   | ||| | ||  ||    ||      |   |||  | |     ||||||   |  |  ||||||  | || || |||  ||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||   ||| | |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||   
----------------------------gtgagtattgtaaaca--atgtctgtagtgtgacatagcctgccatgc-actcatgataacgataaccatc-tgggcaatcctgtcttatatt-atggtgtccctgtacct-catttgtttctttgctatatgctatacaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGGTCTCAAGAGTGATCCAATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTGGTATGG---

upper sequence: LOC_Os05g49200.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G035636_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 10
gtaagaactgcaaatgtttttcaagtgtctgaatctgtaaagtaggatattttcgttttgactcgattagcgattttggtgtcaagtgctatatcaattatgacttatttgagatcggattcgtaggcaatctgtactcactctcatttcttctccatgtggtatgtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGT---CTCCAAAGTGGTCCCATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTTGTATGGATG
         |  | | || |  |     |    ||||||  ||   |||   |    |  ||||        ||  |   |  ||         ||||  || ||||| | |    ||  ||         ||||||   |  |  ||||||  | || || |||  ||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||| || |||| ||||||   ||| | |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||   
---------gtgagtattgtaaa-----caatgtctgtagtgtgacatagcctgccatgaactc--------atgataacgataaccatctgggcaatcctgtcttatatta---tggtgtc--------cctgtacct-catttgtttctttgctatatgctatacaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTAGGAAATCAAATGGTGGTCTCAAGAGTGATCCAATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTGGTATGG---

upper sequence: LOC_Os05g49200.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G057724_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 13
gtaagaactgcaaatgtttttcaagtgtctgaatctgtaaagtaggatattttcgttttgactcgattagcgattttggtgtcaagtgctatatcaattatgacttatttgagatcggattcgtaggcaatctgtactcactctcatttcttctccatgtggtatgtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGT---CTCCAAAGTGGTCCCATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTTGTATGGATG
                             ||| | |   ||  |  || | |    | ||||       || ||     |    |   | ||| | ||  ||    || |    |   |||  | |     ||||||   |  |  ||||||  | || || |||  ||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||   ||| | |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||   
----------------------------gtgagtattgtaaaca--atgtctgtagtgtgacatagcctgccatga-actcatgataacgataaccatc-tgggcaatcttgtcttatatt-atggtgtccctgtacct-catttgtttctttgctatatgctatacaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGGTCTCAAGAGTGATCCAATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTGGTATGG---

upper sequence: LOC_Os05g49200.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM5G899123_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
gtaagaactgcaaatgtttttcaagtgtctgaatctgtaaagtaggatattttcgttttgactcgattagcgattttggtgtcaagtgctatatcaattatgacttatttgagatcggattcgtaggcaatctgtactcactctcatttcttctccatgtggtatgtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGT---CTCCAAAGTGGTCCCATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTTGTATGGATG
         |  | | || |  |     |    ||||||  ||   |||   |    |  ||||        ||  |   |  ||         ||||  || ||||| | |    ||  ||         ||||||   |  |  ||||||  | || || |||  ||| ||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||   ||| | |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||   
---------gtgagtattgtaaa-----caatgtctgtagtgtgacatagcctgccatgaactc--------atgataacgataaccatctgggcaatcctgtcttatatta---tggtgtc--------cctgtacct-catttgtttctttgctatatgttatacaaaaacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGGTCTCAAGAGTGATCCAATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTGGTATGG---

upper sequence: LOC_Os05g49200.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G153977_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtaagaactgcaaatgtttttcaagtgtctgaatctgtaaagtaggatattttcgttttgactcgattagcgattttggtgtcaagtgctatatcaattatgacttatttgagatcggattcgtaggcaatc--tgtactcactctcatttcttctccatgtggtatgtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGT---CTCCAAAGTGGTCCCATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTTGTATGGATG
|| |  ||||||||   | |  |  |   |   |    |  ||  |||  |   | | ||||     ||||   |   ||| |     | ||   ||  || ||    | |   ||   |   || |   ||  |||||  | |      | |  |  ||||  |||| ||||||||  ||||||||   |||||||| |||||  |||||||| |||| ||||||   ||| | |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||   
gtgaagactgcaaaccatctcta--tagttagttacacactgtttgatgat---gctgtgaca----tagcttgtcctgtgccc----ccatgataacgataaccatctgggcgtcctgtcattatggggtcattgtacctatttcttactttgttatatgtt-tatgcaaacacagCACTGGAATTCGTAGCGTAGTGGATGACAAAGCTGGGAAATCAAATGGTGGTCTCAAGAGTGATCCAATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTGGTATGG---

upper sequence: LOC_Os05g49200.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G065757_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
gtaagaactgcaaatgtttttcaagtgtctgaatctgtaaagtaggatattttcgttttgactcgattagcgattttggtgtcaagtgctatatcaattatgacttatttgagatcggattcgtaggcaatctgtactcactctcatttcttctccatgtggtatgtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGT---CTCCAAAGTGGTCCCATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTTGTATGGATG
         |  | | || |  |     |    ||||||  ||   |||   |    |  ||||        ||  |   |  ||         ||||  || ||||| | |    ||  ||         ||||||   |  |  || |||  | || || |||| |||||||| |||||||||  ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||   ||| | |||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||   
---------gtgagtattgtaaa-----caatgtctgtagtgtgacatagcctgccatgaactc--------atgataacgataatcatctgggcaatcctgtcttatatta---tggtgtc--------cctgtacct-catttgttcctttgctatatgctatgcaaacacagCGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGGTCTCAAGAGTGATCCAATGTGCAATGCTTGTGAGATGGCTGTGGTATGG---

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29681832|gb|CB678107.1|CB678107
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|86478235|gb|CI120868.1|CI120868
EST:     TACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: TACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|33795396|gb|CF323568.1|CF323568
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|29637769|gb|CB642778.1|CB642778
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|29643319|gb|CB648326.1|CB648326
EST:     ATTTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|29664333|gb|CB660608.1|CB660608
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|29687282|gb|CB683557.1|CB683557
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|58668482|gb|CK057168.1|CK057168
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGTGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|33683538|gb|CF311777.1|CF311777
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|58596651|gb|CK007179.1|CK007179
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGTGTAGTAAATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|29667542|gb|CB663817.1|CB663817
EST:     CTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: CTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|125863426|gb|EL586708.1|EL586708
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|58672644|gb|CK061330.1|CK061330
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGTGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|29660446|gb|CB656721.1|CB656721
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|29637768|gb|CB642777.1|CB642777
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|29686812|gb|CB683087.1|CB683087
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|58668099|gb|CK056785.1|CK056785
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGTGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|29660450|gb|CB656725.1|CB656725
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|29674325|gb|CB670600.1|CB670600
EST:     ACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|218501795|gb|FG948052.1|FG948052
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGTGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|58666355|gb|CK055041.1|CK055041
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGTGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|4714483|gb|AU058450.1|AU058450
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|29627822|gb|CB632833.1|CB632833
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGTGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|58587529|gb|CF985837.1|CF985837
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGTGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|29639174|gb|CB644183.1|CB644183
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|29643321|gb|CB648328.1|CB648328
EST:     ATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|29675906|gb|CB672181.1|CB672181
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|29677889|gb|CB674164.1|CB674164
EST:     CTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: CTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|218480608|gb|FG959514.1|FG959514
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGTGTACTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAGTGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|29660990|gb|CB657265.1|CB657265
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|87031014|gb|CI270162.1|CI270162
EST:     GGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGG-ATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: GGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|218495569|gb|FG950148.1|FG950148
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGTGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|29657723|gb|CB653998.1|CB653998
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|88396547|gb|CI601030.1|CI601030
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAA
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAA
EST: gi|29639940|gb|CB644949.1|CB644949
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|58592991|gb|CF991299.1|CF991299
EST:     TCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCGATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGTGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: TCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGC-ATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|29669083|gb|CB665358.1|CB665358
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|29642552|gb|CB647559.1|CB647559
EST:     AGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: AGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|33381232|gb|CF196575.1|CF196575
EST:     ATCTGCTCTCANNTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTANGAGTGTAGTNNATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|58599924|gb|CK010452.1|CK010452
EST:     ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGTGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: ATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|33680890|gb|CF309129.1|CF309129
EST:     TTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: TTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
EST: gi|29675129|gb|CB671404.1|CB671404
EST:     GCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAG                         TGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT
genomic: GCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 65 (upstream exon), 67 (downstream exon)
Score: 323

ACACAGCCATCAAAAATCTGCTCTCAGGTTGGTCTGTGTACTTTTGATGGGAAGCATGGTGTTAGgtaagaactg ... gtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCTCCAAAGTGGTCCCATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTTGTATGGATG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcgtaggcaatctgtactcactctcatttcttctccatgtggtatgtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCTCCAAAGTGGTCCCATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTTGTATGGATG
              tactcac  putative branch site (score: 323)
                                          tatgtaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagaactgcaaatgtttttcaagtgtctgaatctgtaaagtaggatattttcgttttgactcgattagcgattttggtgtcaagtgctatatcaattatgacttatttgagatcggattcgtaggcaatctgtactcactctcatttcttctccatgtggtatgtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGTCTCCAAAGTGGTCCCATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTTGTATGGATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT