Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgccttttttgttcacacgcatccttgtgtagcataattttgtaattttcatatgtttttatacgtactatatttatgtgtttttgttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGTGCTTTCCCAGACAGTAAATGACACCCGTGTCTTATTTGGGGGTGGTTGG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g42220.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g42220.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: EF517601.1_FGT012 (Zea mays), 3'ss of exon 17
gtatgccttttttgttcacacgcatccttgtgtagcataattttgtaattttcatatgt---ttttatacgtactatatttatgtgtttttgt-tttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGTGCTTTCCCAGACAGTAAATGACACCCGTGTCTTATTTGGGGGTGGTTGG
||||| | | ||| ||   ||  ||| || |    |  |||| |   || |    || |   ||||  |   | |   | | | || ||||   |  || ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| || ||| | |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || || |||
gtatgtcatgttttttactacttatcatt-taggactaaattgttccatctatgcatttcaattttccataaattgagtctttttgctttttcatccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGTGTTGTCCCAGACGGTAAATGATACCCGTGTCTTGTTTGGAGGCGGATGG

upper sequence: LOC_Os03g42220.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G058276_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
gtatgccttttttgttcacacgcatcc-ttgtgtagcataattttgtaattttcatatgtttt-------tatacgtactatatttatgtgtttttgt-tttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGTGCTTTCCCAGACAGTAAATGACACCCGTGTCTTATTTGGGGGTGGTTGG
||||| ||| ||  | |||    |    |  || || |  | | |||    |  ||   |||         |||  |    ||||| ||  |||||   |  || |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||
gtatgtcttgttc-tacacttctacttatcatgcaggactactatgttccatctatgcatttcaaatttccataaattgagtatttttgctttttttcatccctgcagTGAGCATGTGCTTGATGAGGCAGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGTGTGCTGTCCCAGACAGTAAATGATACCCGTGTCTTGTTTGGAGGCGGTTGG

upper sequence: LOC_Os03g42220.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA12G09250.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
---gtatgccttttttgttcacacgcatccttgtgtagcataattttgtaattttcatatgtttttatacgtactatatttatgtgtttttgttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGTGCTTTCCCAGACAGTAAATGACACCCGTGTCTTATTTGGGGGTGGTTGG
    ||||| |   | |  ||      |  || |  | || | ||   | | | |  | |   |||  ||      |||  || ||| |   |||  | |||  | ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| || ||||| || ||||||| | | || ||  |||| ||||| |||
tttctatgcatgaataga-catcttttttttttttcaacaaacttgaatgaatgtttttttcatttgcactctaagtatg-atatgtctacttttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGTGCTATCTCAGACTGTCAATGACAGCAGGGTGTTGCTTGGAGGTGGGTGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29676854|gb|CB673129.1|CB673129
EST:     TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG                         TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: gi|38481744|gb|CF965819.1|CF965819
EST:     TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG                         TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: gi|218499498|gb|FG967620.1|FG967620
EST:     TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG                         TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: gi|29657047|gb|CB653322.1|CB653322
EST:     CGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG                         TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
genomic: CGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: gi|38476603|gb|CF960736.1|CF960736
EST:     TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG                         TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: gi|218484326|gb|FG955561.1|FG955561
EST:     TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG                         TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: gi|29616346|gb|CB621358.1|CB621358
EST:     TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG                         TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: gi|58686292|gb|CK074979.1|CK074979
EST:     TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG                         TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: gi|86823862|gb|CI258850.1|CI258850
EST:     TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG                         TGAGCATGTGCTTGACGAGCCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: gi|27554034|gb|CA997934.1|CA997934
EST:     TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGACGAGCAAG                         TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTTCTTGCACGATGCCTTATG
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATG
EST: gi|58679038|gb|CK067725.1|CK067725
EST:     TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG                         TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: gi|58681953|gb|CK070640.1|CK070640
EST:     TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG                         TGAGCATGTGCTTGACG
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACG
EST: gi|58653416|gb|CK042096.1|CK042096
EST:     TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG                         TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtaattttcatatgtttttatacgtactatatttatgtgtttttgttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGTGCTTTCCCAGACAGTAAATGACACCCGTGTCTTATTTGGGGGTGGTTGG
                                     tgtttttgttttct  CT-rich tract
         atatgtttttatacgt  TA-rich tract