1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtgatcattttttttgggtgacaatgtatataacctagctgtagttattaataggagcttttttgaccctctgttgtgattcataaaagtttctaataggatgtaatcaccaccaattaacattgtagtgacagtattgcttcctgatgatttgcagTATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTACCCTGCAGACAAGAAGAGCCCAAATGGAAAACTCCG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g64660.2 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAG TATGGGTGCTGATGTCCACEST: gi|38470545|gb|CF954676.1|CF954676
genomic: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAGgtgatcattt ... tgatttgcagTATGGTTGCTGATGTCCAC
EST: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAG TATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTAEST: gi|29686739|gb|CB683014.1|CB683014
genomic: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAGgtgatcattt ... tgatttgcagTATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTA
EST: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAG TATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTAEST: gi|29621610|gb|CB626621.1|CB626621
genomic: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAGgtgatcattt ... tgatttgcagTATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTA
EST: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAG TATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTAEST: gi|38473796|gb|CF957928.1|CF957928
genomic: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAGgtgatcattt ... tgatttgcagTATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTA
EST: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAG TATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTAEST: gi|58588683|gb|CF986991.1|CF986991
genomic: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAGgtgatcattt ... tgatttgcagTATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTA
EST: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAG TATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTAEST: gi|86413542|gb|CI019127.1|CI019127
genomic: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAGgtgatcattt ... tgatttgcagTATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTA
EST: TGAGATACATTGGAAG TATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTAEST: gi|58590217|gb|CF988525.1|CF988525
genomic: TGAGATACATTGGAAGgtgatcattt ... tgatttgcagTATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTA
EST: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAG TATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTAEST: gi|89184643|gb|CI007068.1|CI007068
genomic: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAGgtgatcattt ... tgatttgcagTATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTA
EST: TCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGACG-TACATTGGAAG TATGTTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTAEST: gi|29613014|gb|CB618027.1|CB618027
genomic: TCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGA-GATACATTGGAAGgtgatcattt ... tgatttgcagTATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTA
EST: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAG TATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTAEST: gi|88967746|gb|CI016261.1|CI016261
genomic: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAGgtgatcattt ... tgatttgcagTATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTA
EST: TGAGATACATTGGAAG TATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTAEST: gi|29617760|gb|CB622772.1|CB622772
genomic: TGAGATACATTGGAAGgtgatcattt ... tgatttgcagTATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTA
EST: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAG TATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTAEST: gi|33820806|gb|CF336207.1|CF336207
genomic: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAGgtgatcattt ... tgatttgcagTATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTA
EST: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAG TATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTAEST: gi|4714676|gb|AU055793.1|AU055793
genomic: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAGgtgatcattt ... tgatttgcagTATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTA
EST: AAGTNCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAG TATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTAEST: gi|27546650|gb|CA764792.2|CA764792
genomic: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAGgtgatcattt ... tgatttgcagTATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTA
EST: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAG TATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTAEST: gi|89198621|gb|CI016706.1|CI016706
genomic: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAGgtgatcattt ... tgatttgcagTATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTA
EST: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAG TATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTAEST: gi|86874736|gb|CI318295.1|CI318295
genomic: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAGgtgatcattt ... tgatttgcagTATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTA
EST: ATCCTTGAGATACATTGGAAG TATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTAEST: gi|29682614|gb|CB678889.1|CB678889
genomic: ATCCTTGAGATACATTGGAAGgtgatcattt ... tgatttgcagTATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTA
EST: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAG TATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTAEST: gi|38476585|gb|CF960718.1|CF960718
genomic: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAGgtgatcattt ... tgatttgcagTATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTA
EST: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACA-TGGAGG TATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTA
genomic: AAGTTCCCTAAGGATGGTTCATCACCTAAATCCTTGAGATACATTGGAAGgtgatcattt ... tgatttgcagTATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTA
gtaatcaccaccaattaacattgtagtgacagtattgcttcctgatgatttgcagTATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTACCCTGCAGACAAGAAGAGCCCAAATGGAAAACTCCG
aattaacatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgatcattttttttgggtgacaatgtatataacctagctgtagttattaataggagcttttttgaccctctgttgtgattcataaaagtttctaataggatgtaatcaccaccaattaacattgtagtgacagtattgcttcctgatgatttgcagTATGGTTGCTGATGTCCACCGTACGTTGCTATATGGAGGAGTATTTTTGTACCCTGCAGACAAGAAGAGCCCAAATGGAAAACTCCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG