Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tagggagtactgcatataaatttggacttctataaactgatagtatgttcaccacttggctactgggctcccatttgattgacatatgatatggatgcagGCCATGTGTATAAGGCAATTGATGCTCTCCCTGTAACTGCTCATCCAATGACACAGTTTACCACAGGGGTGATGGCACTTCAA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g33240.2
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os11g33240.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G064023_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 8
tagggagtactgcatataaatttggacttctataaactgatagtatgttcaccacttggctactgggctcccatttgattgacatatgatatggatgcagGCCATGTGTATAAGGCAATTGATGCTCTCCCTGTAACTGCTCATCCAATGACACAGTTTACCACAGGGGTGATGGCACTTCAA
||| |||  ||  || |   | |     |   |    |   | ||| | | | |  | || |||  |||| |   |   ||| |  | |||||| |||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| || || ||||| ||||| 
tagagaggtctatatgtttctgtcagtatgattgtgttatgattatatgctctatcttgccactttgctctctagtagctgataattaatatggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGACACAGTTTACCACGGGAGTAATGGCTCTTCAG

upper sequence: LOC_Os11g33240.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G063851_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 8
tagggagtactgcatataaatttggacttctataaactgatagtatgttcaccacttggctactgggctcccatttgattgacatatgatatggatgcagGCCATGTGTATAAGGCAATTGATGCTCTCCCTGTAACTGCTCATCCAATGACACAGTTTACCACAGGGGTGATGGCACTTCAA
| | ||   ||  ||||   | |     |   |    | |   ||| |   | |  | || |||  |||| |       ||| |  | |||||| |||||  ||||| |||||| |||| ||||||||||| |||  ||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| 
tcgagaaatctatatatttctgttagtatgattgtgttaagtttatatgttcgatcttgccactttgctctctagcagctgataattaatatggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGACACAGTTTACCACAGGAGTAATGGCTCTTCAG

upper sequence: LOC_Os11g33240.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G063909_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 7
tagggagtactgcatataaatttggacttctataaac-tgatagtatgttcaccacttggctactgggctcccatttgattgacatatgatatggatgcagGCCATGTGTATAAGGCAATTGATGCTCTCCCTGTAACTGCTCATCCAATGACACAGTTTACCACAGGGGTGATGGCACTTCAA
| |  ||    |  ||||   ||       ||| |   || || | | |  |   |||          ||| |    |  | | |  | ||||   |||||  ||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||| ||||  | ||||| ||||| 
ttgatagagaggtctatatgattctgtcagtatgattgtgttaatgtttatat-gctttatcttgctactctctagcggctcataattaatatccttgcagCTCATGTCTATAAGGTAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGACACAATTTACCGCAGGAATAATGGCTCTTCAG

upper sequence: LOC_Os11g33240.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G063909_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 7
tagggagtactgcatataaatttggacttctataaac-tgatagtatgttcaccacttggctactgggctcccatttgattgacatatgatatggatgcagGCCATGTGTATAAGGCAATTGATGCTCTCCCTGTAACTGCTCATCCAATGACACAGTTTACCACAGGGGTGATGGCACTTCAA
             |||| | | ||      ||| |   || || | | |  |   |||          ||| |    |  | | |  | ||||   |||||  ||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||| ||||  | ||||| ||||| 
------------tatatgattctg--tcagtatgattgtgttaatgtttatat-gctttatcttgctactctctagcggctcataattaatatccttgcagctcatgtctataagGTAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGACACAATTTACCGCAGGAATAATGGCTCTTCAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|117245193|gb|CT843395.1|CT843395
EST:     GCAAGTCGATGCTCTATCAAAGGAATTGGTTACCCGTTCGAGTGTTCCAG                         GCCATGTGTATAAGGCAATTGATGCTCTCCCTGTAACTGCTCATCCAATGA
genomic: GCAAGTCGATGCTCTATCAAAGGAATTGGTTACCCGTTCGAGTGTTCCAGgtctgctatt ... atggatgcagGCCATGTGTATAAGGCAATTGATGCTCTCCCTGTAACTGCTCATCCAATGA
EST: gi|33793807|gb|CF322790.1|CF322790
EST:     GCAAGTCGATGCTCTATCAAAGGAATTGGTTACCCGTTCGAGTGTTCCAG                         GCCATGTGTATAAGGCAATTGATGCTCTCCCTGTAACTGCTCA
genomic: GCAAGTCGATGCTCTATCAAAGGAATTGGTTACCCGTTCGAGTGTTCCAGgtctgctatt ... atggatgcagGCCATGTGTATAAGGCAATTGATGCTCTCCCTGTAACTGCTCA
EST: gi|38470398|gb|CF954529.1|CF954529
EST:     GCAAGTCGATGCTCTATCAAAGGAATTGGTTACCCGTTCGAGTGTTCCAG                         GCCATGTGTATAAGGCAATTGATGCTCTCCCTGTAACTGCTCATCCAATGA
genomic: GCAAGTCGATGCTCTATCAAAGGAATTGGTTACCCGTTCGAGTGTTCCAGgtctgctatt ... atggatgcagGCCATGTGTATAAGGCAATTGATGCTCTCCCTGTAACTGCTCATCCAATGA
EST: gi|86904765|gb|CI310558.1|CI310558
EST:     GCAAGTCGATGCTCTATCAAAGGAATTGGTTACCCGTTCGAGTGTTCCAG                         GCCATGTGTATAAGGCAATTGATGCTCTCCCTGTAACTGCTCATCCAATGA
genomic: GCAAGTCGATGCTCTATCAAAGGAATTGGTTACCCGTTCGAGTGTTCCAGgtctgctatt ... atggatgcagGCCATGTGTATAAGGCAATTGATGCTCTCCCTGTAACTGCTCATCCAATGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgttcaccacttggctactgggctcccatttgattgacatatgatatggatgcagGCCATGTGTATAAGGCAATTGATGCTCTCCCTGTAACTGCTCATCCAATGACACAGTTTACCACAGGGGTGATGGCACTTCAA
                               gattgac  putative branch site (score: 3)
                                      atatgatat  TA-rich tract