Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttttttaattctgagcagctttttcaagcatttgataattatatatcattgaactgtgctgatctactgcaaaatttgtaacactgattgctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTTCTTGAACTTAGTGGGAACAATGCCATTATTGTAATGGATGATGCAGACA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os09g26880.3
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os09g26880.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G130440_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 8
ttttttaattctgagcagctttttcaagcatttgataat-tatatatc-attgaactgtgctgatctactgcaaaatttgtaacactgattgctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTTCTTGAACTTAGTGGGAACAATGCCATTATTGTAATGGATGATGCAGACA
 | |||  |   | |  |             || | | | | ||| || |||| |||||||||||||  |   |||| ||  | |||| || || |||||||| |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |
ctatttgttggggggggggggacagggatgcttaacattgtgtatgtccattgtactgtgctgatcttttt--aaatatgcgatactggtttcttaatgcagGCTGGTCTAATGGTTCAGCAACAAGTTAGTGCAAGATTTGGTAAATGCCTTCTTGAACTTAGCGGAAACAATGCCATCATTGTTATGGATGATGCAGATA

upper sequence: LOC_Os09g26880.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA15G19670.3 (Glycine max), 3'ss of exon 8
ttttttaattctgagcagctttttcaagcatttgataattatatatcattg-aactgtgctgatctactgcaaaatttgtaacactgattgctca--atgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTTCTTGAACTTAGTGGGAACAATGCCATTATTGTAATGGATGATGCAGACA
 | | ||||  ||        | |   ||     || |  | | | |  || ||   |    ||   |||   | ||  |||   ||  | |     ||  |||||||  | ||||| |||||   ||| ||||  ||||||||||||||| | |||||  | ||||| |||||||| || || || |||||||||||||| |
-tgtgtaatcatgtatgttgctcttgtgccccctattaaaacaaaactatgcaaacatatctat--gctgtttagttcataatgatgcgttcctgttatatagGTTGGCTTGATGGTCCAGCAAACAGTTAATGAGAGATTTGGCAAATGCTTGCTTGAGTTAAGTGGTAACAATGCAATAATAGTCATGGATGATGCAGATA

upper sequence: LOC_Os09g26880.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA09G08150.2 (Glycine max), 3'ss of exon 7
ttttttaattctgagcagctttttcaagcatttgataattatatatca--ttgaactgtgctgatcta--ctgcaaaatttgtaacactgattgctca---atgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTTCTTGAACTTAGTGGGAACAATGCCATTATTGTAATGGATGATGCAGACA
        ||   |  |   | | ||| |||||  | |||  |||     ||| ||  | | ||||||  |||   | ||  |||   ||  | | |    ||  |||||||  | ||||| |||||   ||| ||||  ||||||||||||||| | |||||  | ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||
------cgttaaaataaaactgtgcaaacatttacttatttcataatgatttggacaatac-gatctatgctgtttagttcataatgatgtgttccctgttatatagGTTGGCTTGATGGTCCAGCAAACAGTTAATGAGAGATTTGGCAAATGCTTGCTTGAGTTAAGTGGTAACAATGCAATAATTGTCATGGATGATGCAGACA

upper sequence: LOC_Os09g26880.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv11s0016g00900.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
-------ttttttaattctgagcagctttttcaagcatttgataattatatatcattgaactgtgctgatctactgcaaaatttgtaacactgattgctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTTCTTGAACTTAGTGGGAACAATGCCATTATTGTAATGGATGATGCAGACA
         |||  | | |   | ||||||| |      || |   | | | || ||  |  |   ||| |   | || |  || |       |||    | |  |||| ||||||||||| || ||    || ||   ||||||||| |||||| | |||||| | ||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||| ||||
catgccaaatttatactttacactgctttttaagctgcatgtt--ctgtttttctttccatgggcatgaccatatacacatcttctgc-----atttgcaattatagGTGGGTCTAATGGTCCAACAAGCTGTCAACCAAAGATTTGGTAAATGCTTGCTTGAATTAAGTGGGAACAATGCCATCATTATCATGGAAGATGCTGACA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58591281|gb|CF989589.1|CF989589
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAGGGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|29668655|gb|CB664930.1|CB664930
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|29617477|gb|CB622489.1|CB622489
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|29668604|gb|CB664879.1|CB664879
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|33797257|gb|CF324491.1|CF324491
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|29656045|gb|CB652320.1|CB652320
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|58695697|gb|CK084384.1|CK084384
EST:     CAGG-AGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: CAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|29668613|gb|CB664888.1|CB664888
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|29638871|gb|CB643880.1|CB643880
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|59930115|gb|AB178657.1|AB178657
EST:     TTTCTCTTGACACAAGSATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTG-CAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|29663938|gb|CB660213.1|CB660213
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|29673829|gb|CB670104.1|CB670104
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|29655872|gb|CB652147.1|CB652147
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|29663977|gb|CB660252.1|CB660252
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAACAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|29661446|gb|CB657721.1|CB657721
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|33675985|gb|CF304224.1|CF304224
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGGCA-GATTTGGCAAATGCCT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATG-CAAGATTTGGCAAATGCCT
EST: gi|29674834|gb|CB671109.1|CB671109
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|66920685|gb|CX107533.1|CX107533
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|59930145|gb|AB178687.1|AB178687
EST:     TTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTACATASACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTG-CAAATGCCTT
genomic: TTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTT-CATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|59930146|gb|AB178688.1|AB178688
EST:     TCTCTTGACACCAAGGATACCCTTGGTTTCATTGCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TCTCTTGACAC-AAGGATACCCTTGGTTTCATT-CACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|29673252|gb|CB669527.1|CB669527
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|29668647|gb|CB664922.1|CB664922
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|58592388|gb|CF990696.1|CF990696
EST:     GGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAAGATTTGGCGAGTGCCT
genomic: GGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGC-AAGATTTGGCAAATGCCT
EST: gi|29677488|gb|CB673763.1|CB673763
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|29668563|gb|CB664838.1|CB664838
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|29633228|gb|CB638237.1|CB638237
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|59930143|gb|AB178685.1|AB178685
EST:     TTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTRCMCAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTG-CAAATGCCKK
genomic: TTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATT-CACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|58604471|gb|CK014999.1|CK014999
EST:     CAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: CAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 46 (upstream exon), 64 (downstream exon)
Score: 78

AGGCTCAATTTTTACAGCATTCTGTGGTGGTGCTGACATTGGCCAAGCAATTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTTCTTGAACTTAGTGGGAACAATGCCATTATTGTAATGGATGATGCAGACA




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcattgaactgtgctgatctactgcaaaatttgtaacactgattgctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTTCTTGAACTTAGTGGGAACAATGCCATTATTGTAATGGATGATGCAGACA
                         aaaatttgtaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttttttaattctgagcagctttttcaagcatttgataattatatatcattgaactgtgctgatctactgcaaaatttgtaacactgattgctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTTCTTGAACTTAGTGGGAACAATGCCATTATTGTAATGGATGATGCAGACA

- - - - - - gagcagc
- - - - - - - - - - - - caagcat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctactgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgattg