Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttttttaattctgagcagctttttcaagcatttgataattatatatcattgaactgtgctgatctactgcaaaatttgtaacactgattgctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTTCTTGAACTTAGTGGGAACAATGCCATTATTGTAATGGATGATGCAGACA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os09g26880.4
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os09g26880.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G130440_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 8
ttttttaattctgagcagctttttcaagcatttgataat-tatatatc-attgaactgtgctgatctactgcaaaatttgtaacactgattgctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTTCTTGAACTTAGTGGGAACAATGCCATTATTGTAATGGATGATGCAGACA
 | |||  |   | |  |             || | | | | ||| || |||| |||||||||||||  |   |||| ||  | |||| || || |||||||| |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |
ctatttgttggggggggggggacagggatgcttaacattgtgtatgtccattgtactgtgctgatcttttt--aaatatgcgatactggtttcttaatgcagGCTGGTCTAATGGTTCAGCAACAAGTTAGTGCAAGATTTGGTAAATGCCTTCTTGAACTTAGCGGAAACAATGCCATCATTGTTATGGATGATGCAGATA

upper sequence: LOC_Os09g26880.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA15G19670.3 (Glycine max), 3'ss of exon 8
ttttttaattctgagcagctttttcaagcatttgataattatatatcattg-aactgtgctgatctactgcaaaatttgtaacactgattgctca--atgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTTCTTGAACTTAGTGGGAACAATGCCATTATTGTAATGGATGATGCAGACA
 | | ||||  ||        | |   ||     || |  | | | |  || ||   |    ||   |||   | ||  |||   ||  | |     ||  |||||||  | ||||| |||||   ||| ||||  ||||||||||||||| | |||||  | ||||| |||||||| || || || |||||||||||||| |
-tgtgtaatcatgtatgttgctcttgtgccccctattaaaacaaaactatgcaaacatatctat--gctgtttagttcataatgatgcgttcctgttatatagGTTGGCTTGATGGTCCAGCAAACAGTTAATGAGAGATTTGGCAAATGCTTGCTTGAGTTAAGTGGTAACAATGCAATAATAGTCATGGATGATGCAGATA

upper sequence: LOC_Os09g26880.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA09G08150.2 (Glycine max), 3'ss of exon 7
ttttttaattctgagcagctttttcaagcatttgataattatatatca--ttgaactgtgctgatcta--ctgcaaaatttgtaacactgattgctca---atgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTTCTTGAACTTAGTGGGAACAATGCCATTATTGTAATGGATGATGCAGACA
        ||   |  |   | | ||| |||||  | |||  |||     ||| ||  | | ||||||  |||   | ||  |||   ||  | | |    ||  |||||||  | ||||| |||||   ||| ||||  ||||||||||||||| | |||||  | ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||
------cgttaaaataaaactgtgcaaacatttacttatttcataatgatttggacaatac-gatctatgctgtttagttcataatgatgtgttccctgttatatagGTTGGCTTGATGGTCCAGCAAACAGTTAATGAGAGATTTGGCAAATGCTTGCTTGAGTTAAGTGGTAACAATGCAATAATTGTCATGGATGATGCAGACA

upper sequence: LOC_Os09g26880.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv11s0016g00900.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
-------ttttttaattctgagcagctttttcaagcatttgataattatatatcattgaactgtgctgatctactgcaaaatttgtaacactgattgctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTTCTTGAACTTAGTGGGAACAATGCCATTATTGTAATGGATGATGCAGACA
         |||  | | |   | ||||||| |      || |   | | | || ||  |  |   ||| |   | || |  || |       |||    | |  |||| ||||||||||| || ||    || ||   ||||||||| |||||| | |||||| | ||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||| ||||
catgccaaatttatactttacactgctttttaagctgcatgtt--ctgtttttctttccatgggcatgaccatatacacatcttctgc-----atttgcaattatagGTGGGTCTAATGGTCCAACAAGCTGTCAACCAAAGATTTGGTAAATGCTTGCTTGAATTAAGTGGGAACAATGCCATCATTATCATGGAAGATGCTGACA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58591281|gb|CF989589.1|CF989589
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAGGGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|29668604|gb|CB664879.1|CB664879
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|29670252|gb|CB666527.1|CB666527
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|58695697|gb|CK084384.1|CK084384
EST:     CAGG-AGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: CAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|59930115|gb|AB178657.1|AB178657
EST:     TTTCTCTTGACACAAGSATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTG-CAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|29663938|gb|CB660213.1|CB660213
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|29673829|gb|CB670104.1|CB670104
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|29670274|gb|CB666549.1|CB666549
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|29663977|gb|CB660252.1|CB660252
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAACAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|29668613|gb|CB664888.1|CB664888
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|66920685|gb|CX107533.1|CX107533
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|59930145|gb|AB178687.1|AB178687
EST:     TTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTACATASACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTG-CAAATGCCTT
genomic: TTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTT-CATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|29668647|gb|CB664922.1|CB664922
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|58592388|gb|CF990696.1|CF990696
EST:     GGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAAGATTTGGCGAGTGCCT
genomic: GGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGC-AAGATTTGGCAAATGCCT
EST: gi|29668563|gb|CB664838.1|CB664838
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|29633228|gb|CB638237.1|CB638237
EST:     TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: TTTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTCACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|59930143|gb|AB178685.1|AB178685
EST:     TTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATTRCMCAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTG-CAAATGCCKK
genomic: TTCTCTTGACACAAGGATACCCTTGGTTTCATT-CACAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
EST: gi|58604471|gb|CK014999.1|CK014999
EST:     CAGGAAGCACAAAG                         GTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT
genomic: CAGGAAGCACAAAGgtatatacta ... ctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcattgaactgtgctgatctactgcaaaatttgtaacactgattgctcaatgcagGTTGGTCTAATGGTTCAGCAGCAAGTGAATGCAAGATTTGGCAAATGCCTTCTTGAACTTAGTGGGAACAATGCCATTATTGTAATGGATGATGCAGACA
                         aaaatttgtaa  TA-rich tract