1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
gtatgcccctattttacctctcttttatcaaggctgggtagtctgtcctgtaactagatggttcttattggttgatttatgagctatgtagGTTAACATAACTTGGGAAGATATACTCCAAGATGAACATAACAAAGGTATATTTGATATGGAGCTTGAAGATTTGGGTGAGGATGAGGACAGCCTTGGAC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g47350.2 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGGAGCACTATTGCTGGCGAAAGTTGTGGATCTACTGACTGAATTGGAT GTTAACATAACTTGGGAAGATATACTCCAAGATGAACATAACAAAGGTATAEST: gi|29636778|gb|CB641787.1|CB641787
genomic: TTGGAGCACTATTGCTGGCGAAAGTTGTGGATCTACTGACTGAATTGGATgtatgcccct ... agctatgtagGTTAACATAACTTGGGAAGATATACTCCAAGATGAACATAACAAAGGTATA
EST: TTGGAGCACTATTGCTGGCGAAAGTTGTGGATCTACTGACTGAATTGGAT GTTAACATAACTTGGGAAGATATACTCCAAGATGAACATAACAAAGGTATAEST: gi|29689750|gb|CB686025.1|CB686025
genomic: TTGGAGCACTATTGCTGGCGAAAGTTGTGGATCTACTGACTGAATTGGATgtatgcccct ... agctatgtagGTTAACATAACTTGGGAAGATATACTCCAAGATGAACATAACAAAGGTATA
EST: TTGGAGCACTATTGCTGGCGAAAGTTGTGGATCTACTGACTGAATTGGAT GTTAACATAACTTGGGAAGATATACTCCAAGATGAACATAACAAAGGTATAEST: gi|29639208|gb|CB644217.1|CB644217
genomic: TTGGAGCACTATTGCTGGCGAAAGTTGTGGATCTACTGACTGAATTGGATgtatgcccct ... agctatgtagGTTAACATAACTTGGGAAGATATACTCCAAGATGAACATAACAAAGGTATA
EST: TTGGAGCACTATTGCTGGCGAAAGTTGTGGATCTACTGACTGAATTGGAT GTTAACATAACTTGGGAAGATATACTCCAAGATGAACATAACAAAGGTATA
genomic: TTGGAGCACTATTGCTGGCGAAAGTTGTGGATCTACTGACTGAATTGGATgtatgcccct ... agctatgtagGTTAACATAACTTGGGAAGATATACTCCAAGATGAACATAACAAAGGTATA
ggtagtctgtcctgtaactagatggttcttattggttgatttatgagctatgtagGTTAACATAACTTGGGAAGATATACTCCAAGATGAACATAACAAAGGTATATTTGATATGGAGCTTGAAGATTTGGGTGAGGATGAGGACAGCCTTGGAC
ttgatttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgcccctattttacctctcttttatcaaggctgggtagtctgtcctgtaactagatggttcttattggttgatttatgagctatgtagGTTAACATAACTTGGGAAGATATACTCCAAGATGAACATAACAAAGGTATATTTGATATGGAGCTTGAAGATTTGGGTGAGGATGAGGACAGCCTTGGAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG