1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
gttacatattgatcaatggaagttttctattaggaggtctatagtttaacatgtatctaatttggatttgaatgtcagGGCTACATGGTCGGAAATGGTGTTTGCGACACTGTTTTTGATGGTAATGCTCTTGTGCCATTTGCTCATGGAATGGCTCTAATTTCAGACGATATATACC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g15470.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAAGGATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAG GGCTACATGGTCGGAAATGGTGTTTGCGACACTGTTTTTGATGGTAATGCTEST: gi|29659836|gb|CB656111.1|CB656111
genomic: AAAGGATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAGgttacatatt ... tgaatgtcagGGCTACATGGTCGGAAATGGTGTTTGCGACACTGTTTTTGATGGTAATGCT
EST: GATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAG GGCTACATGGTCGGAAATGGTGTTTGCAACACTGTTTTTGATGGTAATGCTEST: gi|29668081|gb|CB664356.1|CB664356
genomic: GATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAGgttacatatt ... tgaatgtcagGGCTACATGGTCGGAAATGGTGTTTGCGACACTGTTTTTGATGGTAATGCT
EST: GATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAG GGCTACATGGTCGGAAATGGTGTTTGCGACACTGTTTTTGATGGTAATGCTEST: gi|29661783|gb|CB658058.1|CB658058
genomic: GATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAGgttacatatt ... tgaatgtcagGGCTACATGGTCGGAAATGGTGTTTGCGACACTGTTTTTGATGGTAATGCT
EST: GATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAG GGCTACATGGTCGGAAATGGTGTTTGCGACACTGTTTTTGATGGTAATGCTEST: gi|88721922|gb|CI743434.1|CI743434
genomic: GATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAGgttacatatt ... tgaatgtcagGGCTACATGGTCGGAAATGGTGTTTGCGACACTGTTTTTGATGGTAATGCT
EST: GATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAG GGCTACATGGTCGGAAATGGTGTTTGCEST: gi|33801783|gb|CF326764.1|CF326764
genomic: GATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAGgttacatatt ... tgaatgtcagGGCTACATGGTCGGAAATGGTGTTTGC
EST: GATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAG GGCTACATGGTCGGAAATGGTGTTTGCGACACTGTTTTTGATGGTAATGCTEST: gi|88399116|gb|CI603783.1|CI603783
genomic: GATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAGgttacatatt ... tgaatgtcagGGCTACATGGTCGGAAATGGTGTTTGCGACACTGTTTTTGATGGTAATGCT
EST: GATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAG GGCTACATGGTCGGAAATGGTGTTTGCGACACTGTTTTTGATGGTAATGCTEST: gi|86905526|gb|CI285489.1|CI285489
genomic: GATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAGgttacatatt ... tgaatgtcagGGCTACATGGTCGGAAATGGTGTTTGCGACACTGTTTTTGATGGTAATGCT
EST: GATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAG GGCTACATGGTCGGAAATGGTGTTTGCGACACTGTTTTTGATGGTAATGCTEST: gi|4715276|gb|AU056393.1|AU056393
genomic: GATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAGgttacatatt ... tgaatgtcagGGCTACATGGTCGGAAATGGTGTTTGCGACACTGTTTTTGATGGTAATGCT
EST: GATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAG GGCTACATGGTCGGAAATGGTGTTTGCGACACTGTTTTTGGATGGTAATGC
genomic: GATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAGgttacatatt ... tgaatgtcagGGCTACATGGTCGGAAATGGTGTTTGCGACACTGTTTTTG-ATGGTAATGC
tttctattaggaggtctatagtttaacatgtatctaatttggatttgaatgtcagGGCTACATGGTCGGAAATGGTGTTTGCGACACTGTTTTTGATGGTAATGCTCTTGTGCCATTTGCTCATGGAATGGCTCTAATTTCAGACGATATATACC
atctaat putative branch site (score: 17)
tatagtttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttacatattgatcaatggaagttttctattaggaggtctatagtttaacatgtatctaatttggatttgaatgtcagGGCTACATGGTCGGAAATGGTGTTTGCGACACTGTTTTTGATGGTAATGCTCTTGTGCCATTTGCTCATGGAATGGCTCTAATTTCAGACGATATATACC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA