Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttgaatgctatggtgctggcgacctttatcacatgctcaaattcttgtaatccttaacagcgactaatacatcaattatttcctttttgtcatattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os09g26880.3
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os09g26880.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G130440_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
---------ttgaatgctatgg---tgctggcgacctttatcacatgctcaaattcttgtaatccttaacagcgactaatacatcaattatttcctttttgtcatattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
         |  | |||||||    ||||| | || |||| || ||  |||      ||||||| |||| ||| |  ||||| ||||| || |||  |  ||||| |   |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||
ttgctcatttctagtgctatgtaattgctgccaacatttaccatataatca------tgtaatc-ttaatagccatgaatacctcaataatctcccat--gtcatgt---agGTTGGAATGCTTGCATTGCTTTGGTCTGTGGAAATTGTGTCGTCTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33676797|gb|CF305036.1|CF305036
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29668655|gb|CB664930.1|CB664930
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29617477|gb|CB622489.1|CB622489
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29668604|gb|CB664879.1|CB664879
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29656047|gb|CB652322.1|CB652322
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|33797257|gb|CF324491.1|CF324491
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29656045|gb|CB652320.1|CB652320
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29668613|gb|CB664888.1|CB664888
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29638871|gb|CB643880.1|CB643880
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|33683878|gb|CF312117.1|CF312117
EST:     GGAGTTGTTGGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: GGAGTTGTT-GGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|59930115|gb|AB178657.1|AB178657
EST:     TGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29665768|gb|CB662043.1|CB662043
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|33681819|gb|CF310058.1|CF310058
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29673829|gb|CB670104.1|CB670104
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29655872|gb|CB652147.1|CB652147
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29661446|gb|CB657721.1|CB657721
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|33675985|gb|CF304224.1|CF304224
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29674834|gb|CB671109.1|CB671109
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|59930145|gb|AB178687.1|AB178687
EST:     TGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|59930146|gb|AB178688.1|AB178688
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTCCCTTGTGCTGTGCTGG                         GGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagG-TTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|58689444|gb|CK078131.1|CK078131
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29673252|gb|CB669527.1|CB669527
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29628521|gb|CB633532.1|CB633532
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29668647|gb|CB664922.1|CB664922
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29677488|gb|CB673763.1|CB673763
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29668563|gb|CB664838.1|CB664838
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|59930143|gb|AB178685.1|AB178685
EST:     TGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 74 (downstream exon)
Score: 108

GTGTGGAATCCTCTTGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtaatccttaacagcgactaatacatcaattatttcctttttgtcatattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
                gactaat  putative branch site (score: 108)
                              ttatttcctttttgtc  putative PPT
                   taatacatcaattatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttgaatgctatggtgctggcgacctttatcacatgctcaaattcttgtaatccttaacagcgactaatacatcaattatttcctttttgtcatattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG

-tgaatgc
- - - - - - -tgctggc
- - - - - - - - - - - - - - - -catgctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - attcttg