1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...tttttttttctctcttaatgaaatgatacgcagatctcatgcgtattcaagaaaaaaaaattgtatcggttttaatggtgattgatatcttgatgaacagAATGTGAAATCAGTATTCGACTCGGCGATCAAAGTTGTACTTTGCCCGCCAAAGCCGAAGAAGAAGAACACCAGGAAGCAGAGGAGTTGCTGGATCCTAT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g20850.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGATGATAGGTGCTGCGGCGTACATCGAATGCAGCTCCAAGACGCAGCAG AATGTGAAATCAGTATTCGACTCGGCGATCAAAGTTGTACTTTGEST: gi|33681463|gb|CF309702.1|CF309702
genomic: GGATGATAGGTGCTGCGGCGTACATCGAATGCAGCTCCAAGACGCAGCAGgtatgaagaa ... tgatgaacagAATGTGAAATCAGTATTCGACTCGGCGATCAAAGTTGTACTTTG
EST: GGATGATAGGTGCTGCGGCGTACATCGAATGCAGCTCCAAGACGCAGCAG AATGTGAAATCAGTATTCGACTCGGCGATCAAAGTTGTACTTTGCCCGCCA
genomic: GGATGATAGGTGCTGCGGCGTACATCGAATGCAGCTCCAAGACGCAGCAGgtatgaagaa ... tgatgaacagAATGTGAAATCAGTATTCGACTCGGCGATCAAAGTTGTACTTTGCCCGCCA
ttcaagaaaaaaaaattgtatcggttttaatggtgattgatatcttgatgaacagAATGTGAAATCAGTATTCGACTCGGCGATCAAAGTTGTACTTTGCCCGCCAAAGCCGAAGAAGAAGAACACCAGGAAGCAGAGGAGTTGCTGGATCCTAT
aaaaaaaaattgtat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttttttttctctcttaatgaaatgatacgcagatctcatgcgtattcaagaaaaaaaaattgtatcggttttaatggtgattgatatcttgatgaacagAATGTGAAATCAGTATTCGACTCGGCGATCAAAGTTGTACTTTGCCCGCCAAAGCCGAAGAAGAAGAACACCAGGAAGCAGAGGAGTTGCTGGATCCTAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - -ctcatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggtgat