Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...catgatttttgggcaactacttgcaattcatggttcacaacttagatgtatgaggctgctaaatagtaatctggaatttcctattgctggccatctgcagGTCATGCACTTAATTGGTGATGTGAAGGGTAAGGTCGCCATCATGGTTGATGATATGATAGACACAGCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g41360.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29646780|gb|CB651787.1|CB651787
EST:     CCCCTTTAGCTATCGTTGATAAGAGAAGACAGGGTCACAACATGTCAGAG                         GTCATGCACTTAATTGGTGATGTGAAGGGTAAGGTCGCCATCATGGTTGAT
genomic: CCCCTTTAGCTATCGTTGATAAGAGAAGACAGGGTCACAACATGTCAGAGgttggaacaa ... ccatctgcagGTCATGCACTTAATTGGTGATGTGAAGGGTAAGGTCGCCATCATGGTTGAT
EST: gi|29681206|gb|CB677481.1|CB677481
EST:     CCCCTTTAGCTATCGTTGATAAGAGAAGACAGGGTCACAACATGTCAGAG                         GTCATGCACTTAATTGGTGATGTGAAGGGTAAGGTCGCCATCATGGTTGAT
genomic: CCCCTTTAGCTATCGTTGATAAGAGAAGACAGGGTCACAACATGTCAGAGgttggaacaa ... ccatctgcagGTCATGCACTTAATTGGTGATGTGAAGGGTAAGGTCGCCATCATGGTTGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgtatgaggctgctaaatagtaatctggaatttcctattgctggccatctgcagGTCATGCACTTAATTGGTGATGTGAAGGGTAAGGTCGCCATCATGGTTGATGATATGATAGACACAGCAG
           tgctaaa  putative branch site (score: 2)
              taaatagtaat  TA-rich tract