1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtaatagcatactaaatttaatttttattacacaagtacaagggaagattatttttggtaccattatttccatactcagttaatgtgcgcgatttgtatactctgtaattagtcccattttcaatcctttggtttcagCCTGTTGGAGCTTCCTCATACATTCAATACAACAATAGAGGCCGAGGAAGAGGAAGAGGCCGAGGAAGAGGAATTGGG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g30060.2 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CATCCAACAAGGAACCCCTGTTGCCAGCACCTAAGCCTACTCTTCAGAAG CCTGTTGGAGCTTCCTCATACATTCAATACAACAATAGAGGCCGAGGAAGAEST: gi|29668809|gb|CB665084.1|CB665084
genomic: CATCCAACAAGGAACCCCTGTTGCCAGCACCTAAGCCTACTCTTCAGAAGgtaatagcat ... ttggtttcagCCTGTTGGAGCTTCCTCATACATTCAATACAACAATAGAGGCCGAGGAAGA
EST: CATCCAACAAGGAACCCCTGTTGCCAGCACCTAAGCCTACTCTTCAGAAG CCTGTTGGAGCTTCCTCATACATTCAATACAACAATAGAGGCCGAGGAAGAEST: gi|29662616|gb|CB658891.1|CB658891
genomic: CATCCAACAAGGAACCCCTGTTGCCAGCACCTAAGCCTACTCTTCAGAAGgtaatagcat ... ttggtttcagCCTGTTGGAGCTTCCTCATACATTCAATACAACAATAGAGGCCGAGGAAGA
EST: CATCCAACAAGGAACCCCTGTTGCCAGCACCTAAGCCTACTCTTCAGAAG CCTGTTGGAGCTTCCTCATACATTCAATACAACAATAGAGGCCGAGGAAGAEST: gi|29656692|gb|CB652967.1|CB652967
genomic: CATCCAACAAGGAACCCCTGTTGCCAGCACCTAAGCCTACTCTTCAGAAGgtaatagcat ... ttggtttcagCCTGTTGGAGCTTCCTCATACATTCAATACAACAATAGAGGCCGAGGAAGA
EST: CATCCAACAAGGAACCCCTGTTGCCAGCACCTAAGCCTACTCTTCAGAAG CCCGTTGGAGCTTCCTCATACATTCAATACAACAATAGAGGCCGAGGAAGAEST: gi|29662618|gb|CB658893.1|CB658893
genomic: CATCCAACAAGGAACCCCTGTTGCCAGCACCTAAGCCTACTCTTCAGAAGgtaatagcat ... ttggtttcagCCTGTTGGAGCTTCCTCATACATTCAATACAACAATAGAGGCCGAGGAAGA
EST: CATCCAACAAGGAACCCCTGTTGCCAGCACCTAAGCCTACTCTTCAGAAG CCTGTTGGAGCTTCCTCATACATTCAATACAACAATAGAGGCCGAGGAAGAEST: gi|29671364|gb|CB667639.1|CB667639
genomic: CATCCAACAAGGAACCCCTGTTGCCAGCACCTAAGCCTACTCTTCAGAAGgtaatagcat ... ttggtttcagCCTGTTGGAGCTTCCTCATACATTCAATACAACAATAGAGGCCGAGGAAGA
EST: AGCACCTAAGCCTACTCTTCAGAAG CCTGTTGGAGCTTCCTCATACATTCAATACAACAATAGAGGCCGAGGAAGA
genomic: AGCACCTAAGCCTACTCTTCAGAAGgtaatagcat ... ttggtttcagCCTGTTGGAGCTTCCTCATACATTCAATACAACAATAGAGGCCGAGGAAGA
tgtgcgcgatttgtatactctgtaattagtcccattttcaatcctttggtttcagCCTGTTGGAGCTTCCTCATACATTCAATACAACAATAGAGGCCGAGGAAGAGGAAGAGGCCGAGGAAGAGGAATTGGG
tccttt CT-rich tract
atttgtata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaatagcatactaaatttaatttttattacacaagtacaagggaagattatttttggtaccattatttccatactcagttaatgtgcgcgatttgtatactctgtaattagtcccattttcaatcctttggtttcagCCTGTTGGAGCTTCCTCATACATTCAATACAACAATAGAGGCCGAGGAAGAGGAAGAGGCCGAGGAAGAGGAATTGGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA