1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtaggttttatcttttatttacctccttttatgttgctttgctgcttgcttatactgtgttacttacgtatgaacttccgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCTATTTACCAAGCTACATTCCGTGATGGGGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g06030.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCAGGTTCTCTGTATGCCTAT-GTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|88220599|gb|CI220159.1|CI220159
genomic: TCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: CTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|87013546|gb|CI267247.1|CI267247
genomic: CTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|163927773|gb|EG710541.1|EG710541
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|8856468|gb|AU093786.1|AU093786
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|87011551|gb|CI279460.1|CI279460
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|88222659|gb|CI222615.1|CI222615
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|58663124|gb|CK051810.1|CK051810
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|9886191|gb|AU102084.1|AU102084
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: ATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGN TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|86863036|gb|CI344817.1|CI344817
genomic: ATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|86538793|gb|CI178999.1|CI178999
genomic: TTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|86256727|gb|CI061490.1|CI061490
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|3766709|gb|AU030819.1|AU030819
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|13896917|gb|AU183253.1|AU183253
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|86508934|gb|CI151567.1|CI151567
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|86546954|gb|CI187160.1|CI187160
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|15858319|gb|BI811131.1|BI811131
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTC--TT-GATCA-GTTCTCTGTATCCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACC-CTATGTGATGCCA-TTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|88955901|gb|CI092189.1|CI092189
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|86600016|gb|CI258356.1|CI258356
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTGTCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|29669742|gb|CB666017.1|CB666017
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|15853058|gb|BI805854.1|BI805854
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAA-GCGGGCEST: gi|29669743|gb|CB666018.1|CB666018
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|8858108|gb|AU095426.1|AU095426
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|86596410|gb|CI284721.1|CI284721
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|5455491|gb|AU075627.1|AU075627
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|89163801|gb|CI100691.1|CI100691
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|1631791|gb|C19520.1|C19520
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|3762860|gb|AU029612.1|AU029612
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: CTCTGTTGGAATCAGGTNCCTCTGTATGCCTATGGTANCTTGGACGAGGT TTACCGCTATGTGATGCCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAAGTTAGCAAGGCGGEST: gi|88243749|gb|CI242871.1|CI242871
genomic: CTCTGTTGG-ATCAGGT-TCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATG-CCAGTTGAGGAAGCTGCTG-AGTTAGCAAGGCGG
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|86538200|gb|CI178406.1|CI178406
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: ATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|10931156|gb|AU161430.1|AU161430
genomic: ATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|58695529|gb|CK084216.1|CK084216
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|87028445|gb|CI263787.1|CI263787
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|16754141|gb|BM038520.1|BM038520
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCT-TTGGATCAGNTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|88976012|gb|CI024261.1|CI024261
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|86258925|gb|CI004469.1|CI004469
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|86432198|gb|CI085809.1|CI085809
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|286718|gb|D15525.1|D15525
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|86433348|gb|CI093691.1|CI093691
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: CTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|58586566|gb|CF984874.1|CF984874
genomic: CTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|58592922|gb|CF991230.1|CF991230
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|88223908|gb|CI223757.1|CI223757
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|87030568|gb|CI254997.1|CI254997
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|88958388|gb|CI095906.1|CI095906
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|88202289|gb|CI201151.1|CI201151
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|89166369|gb|CI103459.1|CI103459
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|8857457|gb|AU094775.1|AU094775
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|88829945|gb|CI004983.1|CI004983
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|86546949|gb|CI187155.1|CI187155
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|87020073|gb|CI277805.1|CI277805
genomic: TCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|88264166|gb|CI367940.1|CI367940
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTTTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|18385671|gb|BM418870.1|BM418870
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCT-TTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAA-CTGCTGAGTTA-CAAGGCGGGCEST: gi|22307308|gb|BQ908530.1|BQ908530
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|88244321|gb|CI243443.1|CI243443
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|89168512|gb|CI038866.1|CI038866
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|88266482|gb|CI377384.1|CI377384
genomic: TGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGEST: gi|88839518|gb|CI005306.1|CI005306
genomic: TCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGA-GGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGG
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|88212830|gb|CI210681.1|CI210681
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|89162316|gb|CI104644.1|CI104644
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|86534366|gb|CI174572.1|CI174572
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|8858755|gb|AU096073.1|AU096073
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTNTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGNCEST: gi|88252338|gb|CI350766.1|CI350766
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: GTTGGATCACGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAATTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|89164725|gb|CI101813.1|CI101813
genomic: GTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|88984991|gb|CI011849.1|CI011849
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|87030611|gb|CI255040.1|CI255040
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCACTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|88204694|gb|CI204543.1|CI204543
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|87024937|gb|CI261446.1|CI261446
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|88847618|gb|CI018309.1|CI018309
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|15848964|gb|BI797240.1|BI797240
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTA-CAAGGCGGGEST: gi|88211012|gb|CI212445.1|CI212445
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATG-CCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGG
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|3762012|gb|C99260.1|C99260
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGEST: gi|86878418|gb|CI319636.1|CI319636
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATG-CCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGG
EST: TTCTCCGTT-GATCAGGTTCTCTG-ATGCCTATGGTATCTTGGACGATGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCEST: gi|86873262|gb|CI341487.1|CI341487
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: TCTCT-TATGCCTAT-GTATCTTGGACGAGGG TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAG-TAGCAAGGCGGGC
genomic: TCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
ttgctttgctgcttgcttatactgtgttacttacgtatgaacttccgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCTATTTACCAAGCTACATTCCGTGATGGGGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGC
tacttac putative branch site (score: 17)
cttccgcttttc putative PPT
ttatact TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaggttttatcttttatttacctccttttatgttgctttgctgcttgcttatactgtgttacttacgtatgaacttccgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCTATTTACCAAGCTACATTCCGTGATGGGGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG