1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtacgtcatctagctcctctactactacctatgccatgctttcatccaagtgttctctgctacctcttcctccttgcaatgtcattcatccactatcacatcttgcattggaggatcgaatcttgtcagtgaaaacaaataaggagaaatatgtggggatctctgatttggtgcagGATCCTTCTGGCGCACCGGTGTCCAGAGAGAAGGAAGCAGGGGTGCCGATAAGCAAGCTGCCAAGCTGCAACAACCAGCCGAACAGCTACCTAGCCTGCT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g56540.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGAAGCAGGGAGCAAGCAGCAGCAGCAGTTCACCTTCCTCCTTCTCGGG GATCCTTCTGGCGCACCGGTGTCCAGAGAGAAGGAAGCAGGGGTGCCGATAEST: gi|86496465|gb|CI139098.1|CI139098
genomic: AAGAAGCAGGGAGCAAGCAGCAGCAGCAGTTCACCTTCCTCCTTCTCGGGgtacgtcatc ... tttggtgcagGATCCTTCTGGCGCACCGGTGTCCAGAGAGAAGGAAGCAGGGGTGCCGATA
EST: AAGCAGGGAGCAAGCAGCAGCAGCAGTTCACCTTCCTCCTTCTCGGG GATCCTTCTGGCGCACCGGTGTCCAGAGAGAAGGAAGCAGGGGTGCCGATAEST: gi|88975028|gb|CI023279.1|CI023279
genomic: AAGCAGGGAGCAAGCAGCAGCAGCAGTTCACCTTCCTCCTTCTCGGGgtacgtcatc ... tttggtgcagGATCCTTCTGGCGCACCGGTGTCCAGAGAGAAGGAAGCAGGGGTGCCGATA
EST: AGTTCACCTTCCTCCTTCTCGGG GATCCTTCTGGCGCACCGGTGTCCAGAGAGAAGGAAGCAGGGGTGCCGATA
genomic: AGTTCACCTTCCTCCTTCTCGGGgtacgtcatc ... tttggtgcagGATCCTTCTGGCGCACCGGTGTCCAGAGAGAAGGAAGCAGGGGTGCCGATA
cttgtcagtgaaaacaaataaggagaaatatgtggggatctctgatttggtgcagGATCCTTCTGGCGCACCGGTGTCCAGAGAGAAGGAAGCAGGGGTGCCGATAAGCAAGCTGCCAAGCTGCAACAACCAGCCGAACAGCTACCTAGCCTGCT
ctctgat putative branch site (score: 4)
aaaacaaataa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtacgtcatctagctcctctactactacctatgccatgctttcatccaagtgttctctgctacctcttcctccttgcaatgtcattcatccactatcacatcttgcattggaggatcgaatcttgtcagtgaaaacaaataaggagaaatatgtggggatctctgatttggtgcagGATCCTTCTGGCGCACCGGTGTCCAGAGAGAAGGAAGCAGGGGTGCCGATAAGCAAGCTGCCAAGCTGCAACAACCAGCCGAACAGCTACCTAGCCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC