Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacattgtaaacatacctgtatacgcagttttgacatctatcctagtgctacattgagcatggtctatatatgctgctgcttcataatttctttggcaccatagATTGCACCAATCATTCATGAATGGACATATGACGCGATGTGCCATGATCTTCTATGTATGGATGGCAACAAGTATGTCCATGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g25580.2
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g25580.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G052880_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
gtacattgtaaacatacctgtatacgcagttttgacatctatcctagtgctacattgagca--tggtctatatatgctgctgcttcataatttctttggcaccatagATTGCACCAATCATTCATGAATGGACATATGACGCGATGTGCCATGATCTTCTATGTATGGATGGCAACAAGTATGTCCATGAG
||| ||  | ||||||  |||       | ||| ||   |||  |  | |||||||||| |  |||| |  || |  |  | |  | |  ||||||||| ||   ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||
gtatatgttgaacatatatgt-------gatttaaccattatttttcttctacattgagtaaatggtgttaatctttttataccgctttgtttctttggtacttcagATTGCACCAATTATTCATGAATGGACTTATGATGCTATGTGTCATGATCTGCTTTGTATGGATGGCAACAAGTATGTTCATGAG

upper sequence: LOC_Os02g25580.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv13s0019g05000.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
gtacattgtaaacatacctgtatacgcagttttgacatctatcctagtgctacattgagcatggtctatatatgctgctgcttcataatttctttggcaccatagATTGCACCAATCATTCATGAATGGACATATGACGCGATGTGCCATGATCTTCTATGTATGGATGGCAACAAGTATGTCCATGAG
              | ||      | || |       | |    | ||   ||     |  |  | |||||  ||||       || |     ||       ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||| | |||  |||||| || || || ||||||||||| 
-----------gttttccctctctcacattcactgattatgatttggt-tcacggattgtctattttatatgggctgaca----atgaccaacttacatttttagATTGCACCTATCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTAAATATGGAAGGAAATAAATATGTCCATGAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58680727|gb|CK069414.1|CK069414
EST:     CTCAAACTGAGACATGTGAGCTACTTATAGTTGATCGTTCAGTAGACCAG                         ATTGCACCAATCATTCATGAATGGACATATGACGCGATGTGCCATGATCTT
genomic: CTCAAACTGAGACATGTGAGCTACTTATAGTTGATCGTTCAGTAGACCAGgtacattgta ... ggcaccatagATTGCACCAATCATTCATGAATGGACATATGACGCGATGTGCCATGATCTT
EST: gi|33676893|gb|CF305132.1|CF305132
EST:     CTCAAACTGAGACATGTGAGCTACTTATAGTTGATCGTTCAGTAGACCAG                         ATTGCACCAATCATTCATGAATGGACATATGACGCGATGTGCCATGATCT
genomic: CTCAAACTGAGACATGTGAGCTACTTATAGTTGATCGTTCAGTAGACCAGgtacattgta ... ggcaccatagATTGCACCAATCATTCATGAATGGACATATGACGCGATGTGCCATGATCT
EST: gi|58674876|gb|CK063563.1|CK063563
EST:     CTCAAACTGAGACATGTGAGCTACTTATAGTTGATCGTTCAGTAGACCAG                         ATTGCACCAATCATTCATGAATGGACATATGACGCGATGTGCCATGATCTT
genomic: CTCAAACTGAGACATGTGAGCTACTTATAGTTGATCGTTCAGTAGACCAGgtacattgta ... ggcaccatagATTGCACCAATCATTCATGAATGGACATATGACGCGATGTGCCATGATCTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tacattgagcatggtctatatatgctgctgcttcataatttctttggcaccatagATTGCACCAATCATTCATGAATGGACATATGACGCGATGTGCCATGATCTTCTATGTATGGATGGCAACAAGTATGTCCATGAG
                                      tttctttg  CT-rich tract
                               ttcataatttcttt  TA-rich tract