1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...tgcatatgtttacattgtaaaaggaatgcatatgcgggtatttcttcactgtattatctgttgatgctcatccctttttgtgaacgtgtctctggtatagGAGTTGACGGCTGAGATTTCTGAATTGGAGAAGCAACGTGACGAACTTGAGGCTCGGTTGAAGAAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g06270.2 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGAGAATGAAGTGAGTGCAGTTGAAAAG GAGTTGACGGCTGAGATTTCTGAATTGGAGAAGCAACGTGACAGAACTTGA
genomic: GGAGAATGAAGTGAGTGCAGTTGAAAAGgtaagaacca ... tctggtatagGAGTTGACGGCTGAGATTTCTGAATTGGAGAAGCAACGTGAC-GAACTTGA
tcactgtattatctgttgatgctcatccctttttgtgaacgtgtctctggtatagGAGTTGACGGCTGAGATTTCTGAATTGGAGAAGCAACGTGACGAACTTGAGGCTCGGTTGAAGAAG
tgttgat putative branch site (score: 17)
tgtctct putative PPT
tattatct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgcatatgtttacattgtaaaaggaatgcatatgcgggtatttcttcactgtattatctgttgatgctcatccctttttgtgaacgtgtctctggtatagGAGTTGACGGCTGAGATTTCTGAATTGGAGAAGCAACGTGACGAACTTGAGGCTCGGTTGAAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
tgcatat
- - - - - - - - - - - -gaatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttcactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgttga