Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgatgtttcccctttgttgctggtgtaatattttcttcttgaaatgaatggttctgctaattggaagtgggaatgcttgatgctgtgttggttttagtggatgggattttgattgctctacttcgatgtttcagTGCACTGGAGAAAGCCGAGTCCACTGTCTTTGTGGCATCCGGGATGTATGCAAGTGTGGCTATGCTCAGCGCGCTTGTTCCAGCAGGTGGGCACGTTGTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g25940.4
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g25940.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G075153_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtgatgtttcccctttgttgctggtgtaatattttcttcttgaaatgaatggttctgctaattggaagtgggaatgcttgatgctgtgttggttttagtggatgggattttgattgctc---tacttcgatgtttcagTGCACTGGAGAAAGCCGAGTCCACTGTCTTTGTGGCATCCGGGATGTATGCAAGTGTGGCTATGCTCAGCGCGCTTGTTCCAGCAGGTGGGCACGTTGTG
                                                       || |  | || ||||| |||| | ||  |  ||| ||||  | | | | |||   | |    |    || |   ||| | ||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||| || ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||| |||||
------------------------------------------------------gtgatgttcggtagtggaaatg-tcgacacattgtaggttgcatttggttggaggctaaacagttgcatattctcatggtgcagCGCACTGGAGAAAGCAGAGTCCACCGTGTTTGTGGCGTCAGGGATGTATGCAGCTGTGGCTATGCTCAGCGCACTTGTCCCTGCTGGTGGGCACATTGTG

upper sequence: LOC_Os03g25940.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G113873_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtgatgtttcccctttgttgctggtgtaatattttcttcttgaaatgaatggttctgctaattggaagtgggaatgcttgatgctgtgttggttttagtggatgggattttgattgctc---tacttcgatgtttcagTGCACTGGAGAAAGCCGAGTCCACTGTCTTTGTGGCATCCGGGATGTATGCAAGTGTGGCTATGCTCAGCGCGCTTGTTCCAGCAGGTGGGCACGTTGTG
                                                       || |  | |  ||||| |||| | |   |  ||||||||  | | |   |||   | |    |    |  |   ||| | ||| |||||||||||||| |||||||| || || |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||| |||||
------------------------------------------------------gtgatgctcgatagtggaaatg-tcggcaccctgttggttgcatttggctggaggctaaacagttgcgtgttctcatggtgcagCGCACTGGAGAAAGCAGAGTCCACAGTGTTCGTGGCATCGGGGATGTATGCAGCTGTGGCTATGCTCAGTGCACTTGTTCCGGCTGGTGGGCACATTGTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29625314|gb|CB630325.1|CB630325
EST:     TATGGGAGGTATGGTAACCCGACCACTGAGGCATTGGAGAAGAAGATGAG                         TGCACTGGAGAAAGCCGAGTCCACTGTCTTTGTGGCATCCGGGATGTATGC
genomic: TATGGGAGGTATGGTAACCCGACCACTGAGGCATTGGAGAAGAAGATGAGgtgatgtttc ... gatgtttcagTGCACTGGAGAAAGCCGAGTCCACTGTCTTTGTGGCATCCGGGATGTATGC
EST: gi|112785728|gb|EE591291.1|EE591291
EST:     TGGG-GGTATGGTAACCCGACCACTGAGGCATTGGAGAAGAAGATGAG                         TGCACTGGAGAAAGCCGAGTCCACTGTCTTTGTGGCATCCGGGATGTATGC
genomic: TGGGAGGTATGGTAACCCGACCACTGAGGCATTGGAGAAGAAGATGAGgtgatgtttc ... gatgtttcagTGCACTGGAGAAAGCCGAGTCCACTGTCTTTGTGGCATCCGGGATGTATGC
EST: gi|29645224|gb|CB650231.1|CB650231
EST:     TATGGGAGGTATGGTAACCCGACCACTGAGGCATTGGAGAAGAAGATGAG                         TGCACTGGAGAAAGCCGAGTCCACTGTCTTTGTGGCATCCGGGATGTATGC
genomic: TATGGGAGGTATGGTAACCCGACCACTGAGGCATTGGAGAAGAAGATGAGgtgatgtttc ... gatgtttcagTGCACTGGAGAAAGCCGAGTCCACTGTCTTTGTGGCATCCGGGATGTATGC
EST: gi|58658021|gb|CK046701.1|CK046701
EST:     TATGGGAGGTATGGTAACCCGACCACTGAGGCATTGGAGAAGAAGATGAG                         TGCACTGGAGAAAGCCGCGTCCACTGTCTTTGGGGCATCCGGGATGTATGC
genomic: TATGGGAGGTATGGTAACCCGACCACTGAGGCATTGGAGAAGAAGATGAGgtgatgtttc ... gatgtttcagTGCACTGGAGAAAGCCGAGTCCACTGTCTTTGTGGCATCCGGGATGTATGC
EST: gi|55411461|gb|CV723837.1|CV723837
EST:     TATGGGAGGTATGGTAACCCGACCACTGAGGCATTGGAGAAGAAGATGAG                         TGCACTGGAGAAAGCCGAGTCCACTGTCTTTGTGGCATCCGGGATGTATGC
genomic: TATGGGAGGTATGGTAACCCGACCACTGAGGCATTGGAGAAGAAGATGAGgtgatgtttc ... gatgtttcagTGCACTGGAGAAAGCCGAGTCCACTGTCTTTGTGGCATCCGGGATGTATGC
EST: gi|58660550|gb|CK049230.1|CK049230
EST:     TATGGGAGGTATGGTAACCCGACCACTGAGGCATTGGAGAAGAAGATGAG                         TGCACTGGAGAAAGCCGAGTCCACTGTCTTTGTGGCATCCGGGATGTATGC
genomic: TATGGGAGGTATGGTAACCCGACCACTGAGGCATTGGAGAAGAAGATGAGgtgatgtttc ... gatgtttcagTGCACTGGAGAAAGCCGAGTCCACTGTCTTTGTGGCATCCGGGATGTATGC
EST: gi|58612205|gb|CK039917.1|CK039917
EST:     TATGGGAGGTATGGTAACCCGACCACTGAGGCATTGGAGAAGAAGATGAG                         TGCACTGGAGAAAGCCGAGTCCACTGTCTTTGTGGCATCCGGGATGTATGC
genomic: TATGGGAGGTATGGTAACCCGACCACTGAGGCATTGGAGAAGAAGATGAGgtgatgtttc ... gatgtttcagTGCACTGGAGAAAGCCGAGTCCACTGTCTTTGTGGCATCCGGGATGTATGC
EST: gi|29614165|gb|CB619178.1|CB619178
EST:     TATGGGAGGTATGGTAACCCGACCACTGAGGCATTGGAGAAGAAGATGAG                         TGCACTGGAGAAAGCCGAGTCCACTGTCTTTGTGGCATCCGGGATGTATGC
genomic: TATGGGAGGTATGGTAACCCGACCACTGAGGCATTGGAGAAGAAGATGAGgtgatgtttc ... gatgtttcagTGCACTGGAGAAAGCCGAGTCCACTGTCTTTGTGGCATCCGGGATGTATGC
EST: gi|1854173|gb|AA231801.1|AA231801
EST:     TATGGGAGGTATGGTAACCCGACCACTGAGGCATTGGAGAAGAAGATGAG                         TGCACTGGAGAAAGCCGAGTCCACTGTCTTTGTGGCATCCGGGATGTATGC
genomic: TATGGGAGGTATGGTAACCCGACCACTGAGGCATTGGAGAAGAAGATGAGgtgatgtttc ... gatgtttcagTGCACTGGAGAAAGCCGAGTCCACTGTCTTTGTGGCATCCGGGATGTATGC
EST: gi|29660676|gb|CB656951.1|CB656951
EST:     TATGGGAGGTATGGTAACCCGACCACTGAGGCATTGGAGAAGAAGATGAG                         TGCACTGGAGAAAGCCGAGTCCACTGTCTTTGTGGCATCCGGGATGTATGC
genomic: TATGGGAGGTATGGTAACCCGACCACTGAGGCATTGGAGAAGAAGATGAGgtgatgtttc ... gatgtttcagTGCACTGGAGAAAGCCGAGTCCACTGTCTTTGTGGCATCCGGGATGTATGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgctgtgttggttttagtggatgggattttgattgctctacttcgatgtttcagTGCACTGGAGAAAGCCGAGTCCACTGTCTTTGTGGCATCCGGGATGTATGCAAGTGTGGCTATGCTCAGCGCGCTTGTTCCAGCAGGTGGGCACGTTGTG
                           ttttgat  putative branch site (score: 4)
                          attttgatt  TA-rich tract