Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttttttttttttttttgtatcactgtgggactatatcttcttgctcctttgcatgcaatattttttcttattatagtattatggttcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGTGGAGTGATCCTTTATGCTCTCCTTTGTGGTACTCTTCCATTTGATGATG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g17980.2
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g17980.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G107867_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gttttttttttttttt-ttgtatcactgtgggactatatcttcttgctcctttgcatgcaatattttttcttattatagtattatggttcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGTGGAGTGATCCTTTATGCTCTCCTTTGTGGTACTCTTCCATTTGATGATG
|| |||| || || ||  |||     ||  |  |||| | || || ||  || | |  | || ||| ||  ||  |||||   |  |||| ||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
gtattttattcttattgctgtgagtttgctgatctatttttttttcctttttagaacaccatgtttcttgatac-atagtg--agtgttcttttgcagGTAATATCTGGTAAACTATATGCTGGACCTGAGGTCGATGTATGGAGTTGTGGGGTGATTCTTTATGCTCTTCTTTGTGGAACTCTTCCATTTGATGATG

upper sequence: LOC_Os03g17980.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA13G05700.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
----------------------------------------------gtttttttttttttttttgtatcactg----tgggactatatcttcttgctcctttgcatgcaatattttttcttattatagtattatggttcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGTGGAGTGATCCTTTATGCTCTCCTTTGTGGTACTCTTCCATTTGATGATG
                                              ||| || || || || || |||||||     || |||| ||  |  || |  | |||     ||||  |      |  |||  | | | |||  ||  ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||| || ||  | |||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||
gtttgtaaataattaaattgtaacggaataggatattattattaatgttattattattattattatatcactacttctgagactttacat--ttacctccttgtgattaataaatca----aggataa-actgttgttt-ttcacagGTTATCTCTGGAAAATTGTATGCTGGACCAGAAGTAGATGTCTGGAGCTGTGGTGTAATTTTATATGCTCTTCTCTGTGGCACTCTTCCTTTTGATGATG

upper sequence: LOC_Os03g17980.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA18G49770.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
gtttttttttttttttttgtatcactgtgggactatatcttcttgctcctttgcatgca---atattttttcttattatagtattatggttcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGTGGAGTGATCCTTTATGCTCTCCTTTGTGGTACTCTTCCATTTGATGATG
          ||| |  || |  ||   |  || || | || |||    | |  |||      | | | |  |  ||| | | ||    ||  ||  ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || ||  | ||||| || |||||||| || ||||| ||||||||||
---------gtttgtaatggaatacacggcaacaat-tattgttgaggatatatatgtgtgtgtgtgtgtcttggttacactttttcattt--ttcacagGTTATCTCTGGGAAATTGTATGCTGGACCTGAAGTGGATGTCTGGAGCTGTGGTGTAATTTTATATGCCCTTCTTTGTGGCACCCTTCCTTTTGATGATG

upper sequence: LOC_Os03g17980.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA08G26180.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtttttttttttttttttgt-----atcactgt-gggactatatcttcttgctcctttgcatgcaatattttttcttattatagtattatggttcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGTGGAGTGATCCTTTATGCTCTCCTTTGTGGTACTCTTCCATTTGATGATG
|||| |  |    |   ||      || | ||| | |  ||||| |   |  ||  |||      |||||| ||    ||| | | ||    ||  ||  ||||| |||||||| ||| | |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || ||  | ||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||
gtttgtaatggaatacatggcgaaaattattgttgaggatatatatatattgtctcttgtgattcatatttctt--ggttacactttttcattt--ttcacagGTTATCTCTGGGAAACTGTATGCTGGACCTGAAGTGGATGTCTGGAGCTGTGGTGTAATTTTATATGCGCTTCTTTGTGGCACTCTTCCTTTTGATGATG

upper sequence: LOC_Os03g17980.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT3G01090.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
gtttttttttttttttttgtatcactgtgggactatatcttcttgctcctttgcatgcaatattttttcttattatagtattatggttcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGTGGAGTGATCCTTTATGCTCTCCTTTGTGGTACTCTTCCATTTGATGATG
||   |  ||      |    |  ||| || |   |||  |   |||  ||| ||    |||  ||    || |  ||   |||   |  ||| ||||| || || || || ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| ||||| || || ||||| || ||||| || ||||||||||||||||
gtaagtgcttcagccctcaggtatctgaggaatactataattaggcttgttt-caaatgataggtta---tagtcgagatctataaattgttt-cagGTAATTTCGGGCAAGTTATATGCTGGCCCTGAAGTAGATGTCTGGAGCTGTGGTGTGATACTCTACGCTCTTCTCTGTGGGACGCTTCCATTTGATGATG

upper sequence: LOC_Os03g17980.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT3G29160.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
gtttttttttttttttttgtatcactgtgggactatatctt-cttgctcctttgcatgcaatattttttcttattatagtat-tatggttcctt--tgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGTGGAGTGATCCTTTATGCTCTCCTTTGTGGTACTCTTCCATTTGATGATG
       | | |  ||| |||    |   | | | | | |  | |       |   |    | | | || | | | |  ||| | |   | |||  || |||| || || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||  | || |||||  | || ||||||||||| ||||||||||
------gtatatagtttagtaaagttactgaattgtttttcacctatgtgactatgtctcgtttctcttatgagtgtcttatctcttacttcttgttgtagGTTATATCAGGTAAATTATATGCTGGACCTGAAGTAGATGTATGGAGTTGCGGAGTTATATTGTACGCTCTATTATGCGGTACTCTTCCTTTTGATGATG

upper sequence: LOC_Os03g17980.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv14s0108g01230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
-------------------------------gtttttttttttttttttgtatcactgtgggactatatcttcttgctcctttgcatgcaatattttttcttattatagt----attatggttcc--tttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGTGGAGTGATCCTTTATGCTCTCCTTTGTGGTACTCTTCCATTTGATGATG
                                 ||  |  |||||  |||    | || |  || |||  ||||      | ||     |||  ||    ||  ||  ||    ||||  || ||  |||  |||| || ||||| | ||| || || ||||||||||| |||||||||||||| || || ||  | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
gtaaggagtttgcagcattataatataagacaattcctaatttttggttgagaga-tgagttacaatactttctaata--tatgatgataatggttgaaatttctaaggttctaattagtgtcccattttatagGTTATATCTGGAAGATTGTACGCAGGACCTGAGGTGGATGTATGGAGCTGCGGTGTTATTTTGTACGCTCTTCTTTGTGGTACTCTTCCATTTGATGATG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58667418|gb|CK056104.1|CK056104
EST:     AGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAG                         GTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
genomic: AGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAGgttttttttt ... tcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
EST: gi|29627233|gb|CB632244.1|CB632244
EST:     GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAG                         GTGATCTCTGGTATATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGA
genomic: GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAGgttttttttt ... tcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
EST: gi|58679972|gb|CK068659.1|CK068659
EST:     GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAG                         GTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
genomic: GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAGgttttttttt ... tcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
EST: gi|29663426|gb|CB659701.1|CB659701
EST:     GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAG                         GTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
genomic: GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAGgttttttttt ... tcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
EST: gi|117237395|gb|CT861888.1|CT861888
EST:     GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAG                         GTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAAGTTGATGTATGGAGCTGT
genomic: GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAGgttttttttt ... tcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
EST: gi|33678911|gb|CF307150.1|CF307150
EST:     GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAG                         GTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
genomic: GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAGgttttttttt ... tcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
EST: gi|58674982|gb|CK063669.1|CK063669
EST:     GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAG                         GTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
genomic: GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAGgttttttttt ... tcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
EST: gi|218482816|gb|FG952976.1|FG952976
EST:     GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAG                         GTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
genomic: GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAGgttttttttt ... tcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
EST: gi|218482252|gb|FG960526.1|FG960526
EST:     GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAG                         GTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
genomic: GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAGgttttttttt ... tcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
EST: gi|29616519|gb|CB621531.1|CB621531
EST:     GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAG                         GTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
genomic: GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAGgttttttttt ... tcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
EST: gi|29614995|gb|CB620008.1|CB620008
EST:     GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAG                         GTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
genomic: GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAGgttttttttt ... tcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
EST: gi|33381730|gb|CF197073.1|CF197073
EST:     GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAG                         GTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
genomic: GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAGgttttttttt ... tcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
EST: gi|58680986|gb|CK069673.1|CK069673
EST:     GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAG                         GTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
genomic: GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAGgttttttttt ... tcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
EST: gi|29672730|gb|CB669005.1|CB669005
EST:     GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAG                         GTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGANGTTGATGTATGGAGCTGT
genomic: GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAGgttttttttt ... tcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
EST: gi|218488644|gb|FG955529.1|FG955529
EST:     GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAG                         GTGATCTCTGGTAAATTATACNCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
genomic: GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAGgttttttttt ... tcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgctcctttgcatgcaatattttttcttattatagtattatggttcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGTGGAGTGATCCTTTATGCTCTCCTTTGTGGTACTCTTCCATTTGATGATG
                                            ttcctttgc  CT-rich tract
            atgcaatattttttct  TA-rich tract