1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...ataactggcaaaatttcatggtttgttctgtgtggagtaataaaagttatgtcttgtattaatattttgttcatgacaaatggttatcacatcttttcagGCCTTGGGTTTTTGACTTCCTTGCTATTCATATTCCTAGTTGGAATATTTGTTTCTTCATGGGTGGGTTCAACTGTCTTTTGGATTGGAGAATGGTTTAT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g36110.2 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TATGCAAAGCTTGGATTTGATATATTTG GCCTTGGGTTTTTGACTTCCTTGCTATTCATATTCCTAGTTGGAATATTTGEST: gi|29657648|gb|CB653923.1|CB653923
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EST: TGATGGATTTTTCAGTCCACTGTATGCAAAGCTTGGATTTGATATATTTG GCCTTGGGTTTTTGACTTCCTTGCTATTCATATTCCTAGTTGGAATATTTGEST: gi|58695852|gb|CK084539.1|CK084539
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EST: TGATGGATTTTTCAGTCCACTGTATGCAAAGCTTGGATTTGATATATTTG GCCTTGGGTTTTTGACTTCCTTGCTATTCATATTCCTAGTTGGAATATTTGEST: gi|29621930|gb|CB626941.1|CB626941
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EST: TGATGGATTTTTCAGTCCACTGTATGCAAAGCTTGGATTTGATATATTTG GCCTTGGG-TTTTGACTTTCCTTGCTATTCATATTCCTAGTTGGAATATTTEST: gi|29621929|gb|CB626940.1|CB626940
genomic: TGATGGATTTTTCAGTCCACTGTATGCAAAGCTTGGATTTGATATATTTGgtaactcttg ... atcttttcagGCCTTGGGTTTTTGAC-TTCCTTGCTATTCATATTCCTAGTTGGAATATTT
EST: TGATGGATTTTTCAGTCCACTGTATGCAAAGCTTGGATTTGATATATTTG GCCTTGGGTTTTTGACTTCCTTGCTATTCATATTCCTAGTTGGAATATTTGEST: gi|87012610|gb|CI307358.1|CI307358
genomic: TGATGGATTTTTCAGTCCACTGTATGCAAAGCTTGGATTTGATATATTTGgtaactcttg ... atcttttcagGCCTTGGGTTTTTGACTTCCTTGCTATTCATATTCCTAGTTGGAATATTTG
EST: TGATGGATTTTTCAGTCCACTGTATGCAAAGCTTGGATTTGATATATTTG GCCTTGGGTTTTTGACTTCCTTGCTATTCATATTCCTAGTTGGAATATTTG
genomic: TGATGGATTTTTCAGTCCACTGTATGCAAAGCTTGGATTTGATATATTTGgtaactcttg ... atcttttcagGCCTTGGGTTTTTGACTTCCTTGCTATTCATATTCCTAGTTGGAATATTTG
gttatgtcttgtattaatattttgttcatgacaaatggttatcacatcttttcagGCCTTGGGTTTTTGACTTCCTTGCTATTCATATTCCTAGTTGGAATATTTGTTTCTTCATGGGTGGGTTCAACTGTCTTTTGGATTGGAGAATGGTTTAT
tattaat putative branch site (score: 2)
catcttttc putative PPT
ttgtattaatattttg TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ataactggcaaaatttcatggtttgttctgtgtggagtaataaaagttatgtcttgtattaatattttgttcatgacaaatggttatcacatcttttcagGCCTTGGGTTTTTGACTTCCTTGCTATTCATATTCCTAGTTGGAATATTTGTTTCTTCATGGGTGGGTTCAACTGTCTTTTGGATTGGAGAATGGTTTAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
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