1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtttgcgttcgtctctcagtatacttgtgacattttggtgcaattgcttatccctaaattagtgtatccgttttgctgcagTCTCTTGCTAGGATGAACAAGAAGGACTCATGGCTGTTCTGGTGGACTCTGTACTTGACT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g22870.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCGATGATGAGGGCAATAGCGTGTGGAAGTTTGAGTGCCTTGATGGAGAG TCTCTTGCTAGGATGAACAAGAAGGACTCATGGCTGTTCTGGTGGACTCTGEST: gi|33680657|gb|CF308896.1|CF308896
genomic: TCGATGATGAGGGCAATAGCGTGTGGAAGTTTGAGTGCCTTGATGGAGAGgtttgcgttc ... tttgctgcagTCTCTTGCTAGGATGAACAAGAAGGACTCATGGCTGTTCTGGTGGACTCTG
EST: GATGATGAGGGCAATAGCG-GNTGGGAAGTTTGAGTGCCTTGATGGAGAG TCTCTTGCTAGGATGAACAAGAAGGACTCATGGCTGTTCTGGTGGACTCTGEST: gi|29678098|gb|CB674373.1|CB674373
genomic: GATGATGAGGGCAATAGCGTG-TGG-AAGTTTGAGTGCCTTGATGGAGAGgtttgcgttc ... tttgctgcagTCTCTTGCTAGGATGAACAAGAAGGACTCATGGCTGTTCTGGTGGACTCTG
EST: TCGATGATGAGGGCAATAGCGTGTGGAAGTTTGAGTGCCTTGATGGAGAG TCTCTTGCTAGGATGAACAAGAAGGACTCATGGCTGTTCTGGTGGACTCTGEST: gi|11544405|gb|BF475223.1|BF475223
genomic: TCGATGATGAGGGCAATAGCGTGTGGAAGTTTGAGTGCCTTGATGGAGAGgtttgcgttc ... tttgctgcagTCTCTTGCTAGGATGAACAAGAAGGACTCATGGCTGTTCTGGTGGACTCTG
EST: TCGATGATGAGGGCAATAGCGTGTGGAAGTTTGAGTGCCTTGATGGAGAG TCTCTTGCTAGGATGAACAAGAAGGACTCATGGCTGTTCTGGTGGACTCTGEST: gi|66913390|gb|CX100238.1|CX100238
genomic: TCGATGATGAGGGCAATAGCGTGTGGAAGTTTGAGTGCCTTGATGGAGAGgtttgcgttc ... tttgctgcagTCTCTTGCTAGGATGAACAAGAAGGACTCATGGCTGTTCTGGTGGACTCTG
EST: TCGATGATGAGGGCAATAGCGTGTGGAAGTTTGAGTGCCTTGATGGAGAG TCTCTTGCTAGGATGAACAAGAAGGACTCATGGCTGTTCTGGTGGACTCTGEST: gi|88417344|gb|CI579005.1|CI579005
genomic: TCGATGATGAGGGCAATAGCGTGTGGAAGTTTGAGTGCCTTGATGGAGAGgtttgcgttc ... tttgctgcagTCTCTTGCTAGGATGAACAAGAAGGACTCATGGCTGTTCTGGTGGACTCTG
EST: TCGATGATGAGGGCAATAGCGTGTGGAAGTTTGAGTGCCTTGATGGAGAG TCTCTTGCTAGGATGAACAAGAAGGACTCATGGCTGTTCTGGTGGACTCTGEST: gi|44679016|gb|CR292450.1|CR292450
genomic: TCGATGATGAGGGCAATAGCGTGTGGAAGTTTGAGTGCCTTGATGGAGAGgtttgcgttc ... tttgctgcagTCTCTTGCTAGGATGAACAAGAAGGACTCATGGCTGTTCTGGTGGACTCTG
EST: TCGATGATGAGGGCAATAGCGTGTGGAAGTTTGAGTGCCTTGATGGAGAG TCTCTTGCTAGGATGAACAAGAAGGACTCATGGCTGTTCTGGTGGACTCTGEST: gi|29678099|gb|CB674374.1|CB674374
genomic: TCGATGATGAGGGCAATAGCGTGTGGAAGTTTGAGTGCCTTGATGGAGAGgtttgcgttc ... tttgctgcagTCTCTTGCTAGGATGAACAAGAAGGACTCATGGCTGTTCTGGTGGACTCTG
EST: TCGATGATGAGGGCAATAGCGTGTGGAAGTTTGAGTGCCTTGATGGAGAG TCTCTTGCTAGGATGAACAAGAAGGACTCATGGCTGTTCTGGTGGACTCTGEST: gi|27920913|gb|CB096721.1|CB096721
genomic: TCGATGATGAGGGCAATAGCGTGTGGAAGTTTGAGTGCCTTGATGGAGAGgtttgcgttc ... tttgctgcagTCTCTTGCTAGGATGAACAAGAAGGACTCATGGCTGTTCTGGTGGACTCTG
EST: TCGATGATGAGGGCAATAGCGTGTGGAAGTTTGAGTGCCTTGATGGAGAG TCTCTTGCTAGGATGAACAAGAAGGACTCATGGCTGTTCTGGTGGACTCTGEST: gi|88693063|gb|CI736638.1|CI736638
genomic: TCGATGATGAGGGCAATAGCGTGTGGAAGTTTGAGTGCCTTGATGGAGAGgtttgcgttc ... tttgctgcagTCTCTTGCTAGGATGAACAAGAAGGACTCATGGCTGTTCTGGTGGACTCTG
EST: TCGATGATGAGGGCAATAGCGTGTGGAAGTTTGAGTGCCTTGATGGAGAG TCTCTTGCTAGGATGAACAAGAAGGACTCATGGCTGTTCTGEST: gi|86891022|gb|CI305874.1|CI305874
genomic: TCGATGATGAGGGCAATAGCGTGTGGAAGTTTGAGTGCCTTGATGGAGAGgtttgcgttc ... tttgctgcagTCTCTTGCTAGGATGAACAAGAAGGACTCATGGCTGTTCTG
EST: TCGATGATGAGGGCAATAGCGTGTGGAAGTTTGAGTGCCTTGATGGAGAG TCTCTTGCTAGGATGAACAAGAEST: gi|218478253|gb|FG951116.1|FG951116
genomic: TCGATGATGAGGGCAATAGCGTGTGGAAGTTTGAGTGCCTTGATGGAGAGgtttgcgttc ... tttgctgcagTCTCTTGCTAGGATGAACAAGA
EST: TCGATGATGAGGGCAATAGCGTGTGGAAGTTTGAGTGCCTTGATGGAGAG TCTCTTGCTAGGATGAACAAGAAGGACTCATGGCTGTTCTGGTGGACTCTG
genomic: TCGATGATGAGGGCAATAGCGTGTGGAAGTTTGAGTGCCTTGATGGAGAGgtttgcgttc ... tttgctgcagTCTCTTGCTAGGATGAACAAGAAGGACTCATGGCTGTTCTGGTGGACTCTG
gtgacattttggtgcaattgcttatccctaaattagtgtatccgttttgctgcagTCTCTTGCTAGGATGAACAAGAAGGACTCATGGCTGTTCTGGTGGACTCTGTACTTGACT
ccctaaa putative branch site (score: 21)
tccgtttt putative PPT
taaattagt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttgcgttcgtctctcagtatacttgtgacattttggtgcaattgcttatccctaaattagtgtatccgttttgctgcagTCTCTTGCTAGGATGAACAAGAAGGACTCATGGCTGTTCTGGTGGACTCTGTACTTGACT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA