Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctgactgcctcgattagctaattaaggctggtacggtttggtttcttggtactatgatattcttgctcactgctaacttgaattgtgaaatatttttcagGCACTCGCTCAGATGAAGTCGATCAATTTGTTAGGGGTCCAACAAATATGCAGAAATTCTATAGCACTAGAACAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g22864.2
intron # 21
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os08g22864.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 21
lower sequence: GRMZM2G327394_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 22
ctgactgcctcgattagctaattaaggctggtacggtttggtttcttgg--tactatg-atattcttgctcactgctaacttgaattgt--gaaatatttttcagGCACTCGCTCAGATGAAGTCGATCAATTTGTTAGGGGTCCAACAAATATGCAGAAATTCTATAGCACTAGAACAG
  |  ||  |  |||   ||  |   |     |    |||||| |  ||  |||  || | |||      | || || || |   || |  | |   |||| |||||||| ||||| |||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||||||
--gtttgtttttatt--ttagctgcagtcttgagttcttggttgcaaggcctacactgtaaattgagataccctacttacgttttttatttgtatgtttttccagGCACTTGCTCAAATGAAGTCAATAAACTTGTTAGGAGTCCAGCAAATATGCAGGAATTCGATAGCTCTGGAACAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86437704|gb|CI119624.1|CI119624
EST:     ATTATGTATTTGGTGGGATTTCTAGCGTTGCTGCTAATGCATCGATAAAG                         GCACTCGCTCAGATGAAGTCGATCAATTTGTTAGGGGTCCAACAAATATGC
genomic: ATTATGTATTTGGTGGGATTTCTAGCGTTGCTGCTAATGCATCGATAAAGgtttgttatg ... tatttttcagGCACTCGCTCAGATGAAGTCGATCAATTTGTTAGGGGTCCAACAAATATGC
EST: gi|86480174|gb|CI122807.1|CI122807
EST:     ATTATGTATTTGTTGGGATTTCTAGCGTTGCTGCTAATGCATCGATAAAG                         GCACTCGCTCAGATGAAGTCGATCAATTTGTTAGGGGTCCAACAAATATGC
genomic: ATTATGTATTTGGTGGGATTTCTAGCGTTGCTGCTAATGCATCGATAAAGgtttgttatg ... tatttttcagGCACTCGCTCAGATGAAGTCGATCAATTTGTTAGGGGTCCAACAAATATGC
EST: gi|86480164|gb|CI122797.1|CI122797
EST:     ATTATGTATTTGGTGGGATTTCTAGCGTTGCTGCTAATGCATCGATAAAG                         GCACTCGCTCAGATGAAGTCGATCAATTTGTTAGGGGTCCAACAAATATGC
genomic: ATTATGTATTTGGTGGGATTTCTAGCGTTGCTGCTAATGCATCGATAAAGgtttgttatg ... tatttttcagGCACTCGCTCAGATGAAGTCGATCAATTTGTTAGGGGTCCAACAAATATGC
EST: gi|58586846|gb|CF985154.1|CF985154
EST:     ATTATGTATTTGGTGGGATTTCTAGCGTTGCTGCTAATGCATCGATAAAG                         GCACTCGCTCAGATGAAGTCGATCAATTTGTTAGGGGTCCAACAAATATGC
genomic: ATTATGTATTTGGTGGGATTTCTAGCGTTGCTGCTAATGCATCGATAAAGgtttgttatg ... tatttttcagGCACTCGCTCAGATGAAGTCGATCAATTTGTTAGGGGTCCAACAAATATGC
EST: gi|29624113|gb|CB629124.1|CB629124
EST:     ATTATGTATTTGGTGGGATTTCTAGCGTTGCTGCTAATGCATCGATAAAG                         GCACTCGCTCAGATGAAGTCGATCAATTTGTTAGGGGTCCAACAAATATGC
genomic: ATTATGTATTTGGTGGGATTTCTAGCGTTGCTGCTAATGCATCGATAAAGgtttgttatg ... tatttttcagGCACTCGCTCAGATGAAGTCGATCAATTTGTTAGGGGTCCAACAAATATGC
EST: gi|29626007|gb|CB631018.1|CB631018
EST:     ATTATGTATTTGGTGGGATTTCTAGCGTTGCTGCTAATGCATCGATAAAG                         GCACTCGCTCAGATGAAGTCGATCAATTTGTTAGGGGTCCAACAAATATGC
genomic: ATTATGTATTTGGTGGGATTTCTAGCGTTGCTGCTAATGCATCGATAAAGgtttgttatg ... tatttttcagGCACTCGCTCAGATGAAGTCGATCAATTTGTTAGGGGTCCAACAAATATGC
EST: gi|88670678|gb|CI724794.1|CI724794
EST:     ATTATGTATTTGGTGGGATTTCTAGCGTTGCTGCTAATGCATCGATAAAG                         GCACTCGCTCAGATGAAGTCGATCAATTTGTTAGGGGTCCAACAAATATGC
genomic: ATTATGTATTTGGTGGGATTTCTAGCGTTGCTGCTAATGCATCGATAAAGgtttgttatg ... tatttttcagGCACTCGCTCAGATGAAGTCGATCAATTTGTTAGGGGTCCAACAAATATGC
EST: gi|88671305|gb|CI724351.1|CI724351
EST:     ATTATGTATTTGGTGGGATTTCTAGCGTTGCTGCTAATGCATCGATAAAG                         GCACTCGCTCAGATGAAGTCGATCAATTTGTTAGGGGTCCAACAAATATGC
genomic: ATTATGTATTTGGTGGGATTTCTAGCGTTGCTGCTAATGCATCGATAAAGgtttgttatg ... tatttttcagGCACTCGCTCAGATGAAGTCGATCAATTTGTTAGGGGTCCAACAAATATGC
EST: gi|58692351|gb|CK081038.1|CK081038
EST:     ATTATGTATTTGGTGGGATTTCTAGCGTTGCTGCTAATGCATCGATAAAG                         GCACTCGCTCAGATGAAGTCGATCAATTTGTTAGGGGTCCAACAAATATGC
genomic: ATTATGTATTTGGTGGGATTTCTAGCGTTGCTGCTAATGCATCGATAAAGgtttgttatg ... tatttttcagGCACTCGCTCAGATGAAGTCGATCAATTTGTTAGGGGTCCAACAAATATGC
EST: gi|88996514|gb|CI260018.1|CI260018
EST:     ATTATGTATTTGGTGGGATTTCTAGCGTTGCTGCTAATGCATCGATAAAG                         GCACTCGCTCAGATGAAGTCGATCAATTTGTTAGGGGTCCAACAAATATGC
genomic: ATTATGTATTTGGTGGGATTTCTAGCGTTGCTGCTAATGCATCGATAAAGgtttgttatg ... tatttttcagGCACTCGCTCAGATGAAGTCGATCAATTTGTTAGGGGTCCAACAAATATGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttggtactatgatattcttgctcactgctaacttgaattgtgaaatatttttcagGCACTCGCTCAGATGAAGTCGATCAATTTGTTAGGGGTCCAACAAATATGCAGAAATTCTATAGCACTAGAACAG
                         tgctaac  putative branch site (score: 1)
                                             tatttttc  putative PPT
                                   aattgtgaaatatttt  TA-rich tract