1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...agcaagcccaaaacctctatgatctcaccatcaagagggtgcgaagtgacatggaggagaattcaagaacattcaagtggaggaattccttgatgaagagGGAATCAAGCATGAGTTCTCCGCCCCCTATGATCCTCCTCAAAATGGCATCGTTGAGAGGAAGAACCGAACTCTTATTGAAACCGCAAGAGCAATGCTTG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g27580.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gtgacatggaggagaattcaagaacattcaagtggaggaattccttgatgaagagGGAATCAAGCATGAGTTCTCCGCCCCCTATGATCCTCCTCAAAATGGCATCGTTGAGAGGAAGAACCGAACTCTTATTGAAACCGCAAGAGCAATGCTTG
ccttgat putative branch site (score: 5)
ttcctt CT-rich tract
aattcaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agcaagcccaaaacctctatgatctcaccatcaagagggtgcgaagtgacatggaggagaattcaagaacattcaagtggaggaattccttgatgaagagGGAATCAAGCATGAGTTCTCCGCCCCCTATGATCCTCCTCAAAATGGCATCGTTGAGAGGAAGAACCGAACTCTTATTGAAACCGCAAGAGCAATGCTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- caagccc
- - - - - - - ctctatg
- - - - - - - - - - - - -caccatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgacatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cattcaa