1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tgcttcgaagcaaaagggggaggaagccccgtctccaactccaaggtcgtcatggctgctgccttgtttgacgaggttgcaacttgtgggctgccccaagCTGAGGGCTCTCCCACCACAGCTTGGACAGCAGGCCACCAACTTGAAGGAGTTCTTTATAAGATGCACAAGTTGCTTGAAGACGGTGGAGGACCTCCCAT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g45020.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gtcgtcatggctgctgccttgtttgacgaggttgcaacttgtgggctgccccaagCTGAGGGCTCTCCCACCACAGCTTGGACAGCAGGCCACCAACTTGAAGGAGTTCTTTATAAGATGCACAAGTTGCTTGAAGACGGTGGAGGACCTCCCAT
gtttgac putative branch site (score: 4)
ctgcccc putative PPT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgcttcgaagcaaaagggggaggaagccccgtctccaactccaaggtcgtcatggctgctgccttgtttgacgaggttgcaacttgtgggctgccccaagCTGAGGGCTCTCCCACCACAGCTTGGACAGCAGGCCACCAACTTGAAGGAGTTCTTTATAAGATGCACAAGTTGCTTGAAGACGGTGGAGGACCTCCCAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
tgcttcg
- - - - agcaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctccaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gctgctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggttgca