1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...aatacagcaatacacacctctcagcgatgcagaattggataaaaactataaacactttgcatctaattccagtaaccatatgttgttcatctataaatagGTAATGCTGAATGTTTGGGAGCTGAACTTTTGGAGACCTTAGTAAAGATGGCTCCAACCAAAGAGGAAGAACTGAAACTGCGAGATTTCACTGGGGACTT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os10g20710.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ctataaacactttgcatctaattccagtaaccatatgttgttcatctataaatagGTAATGCTGAATGTTTGGGAGCTGAACTTTTGGAGACCTTAGTAAAGATGGCTCCAACCAAAGAGGAAGAACTGAAACTGCGAGATTTCACTGGGGACTT
cagtaac putative branch site (score: 1)
ttcatct putative PPT
ttcatctataaata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aatacagcaatacacacctctcagcgatgcagaattggataaaaactataaacactttgcatctaattccagtaaccatatgttgttcatctataaatagGTAATGCTGAATGTTTGGGAGCTGAACTTTTGGAGACCTTAGTAAAGATGGCTCCAACCAAAGAGGAAGAACTGAAACTGCGAGATTTCACTGGGGACTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- tacagca
- - - - - tacacac
- - - - - - - - - - - -gcgatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - ataaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ataaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctttgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atgttgt