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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagccgtcgtcccctcccgagggcgttgtttggagttggatcgattcatgaatcgatctggtgctgatctgtgggtttgtttatttattttaattttttttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGCTCCGGCCGGACTTCTCCGTCGCCGCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g62420.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g62420.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G146206_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
-----------------gtgagccgtcgtcccctcccgagggcgttgtt-tggagttggatcgattcatgaatcgatctggtgct-----gatctgtgggtttgtttatttatt---ttaattttttttgggtg--cagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGCTCCGGCCGGACTTCTCCGTCGCCGCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGG------------------------
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gtgagtcgtctcacttctcatggcatcatctctccccgcgtttgcagttgcgggcctgtgtcggtt-gtggtttggtttttgactagaccgatctatgtgctgatctcttggttggctggaactcggggaggtgagcagaggtggtggtgagtccgcctttcgtttttctgcagCAGGTCAAGGGGCTGCTGCGGCTGGACTTCGCCGTCGCAGCGCAGAACTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACCGGCGAGATCAG

upper sequence: LOC_Os01g62420.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G146206_T05 (Zea mays), 3'ss of exon 2
-----------------gtgagccgtcgtcccctcccgagggcgttgtt-tggagttggatcgattcatgaatcgatctggtgct-----gatctgtgggtttgtttatttatt---ttaattttttttgggtg--cagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGCTCCGGCCGGACTTCTCCGTCGCCGCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGG
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upper sequence: LOC_Os01g62420.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G146206_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 2
-----------------gtgagccgtcgtcccctcccgagggcgttgtt-tggagttggatcgattcatgaatcgatctggtgct-----gatctgtgggtttgtttatttatt---ttaattttttttgggtg--cagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGCTCCGGCCGGACTTCTCCGTCGCCGCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGG
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gtgagtcgtctcacttctcatggcatcatctctccccgcgtttgcagttgcgggcctgtgtcggtt-gtggtttggtttttgactagaccgatctatgtgctgatctcttggttggctggaactcggggaggtgagcagAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAAGGGGCTGCTGCGGCTGGACTTCGCCGTCGCAGCGCAGAACTGCTGGGTGCGCAAGGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33692885|gb|CF321124.1|CF321124
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|88575287|gb|CI669432.1|CI669432
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|2312292|gb|C28447.1|C28447
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAG-TGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|58682138|gb|CK070825.1|CK070825
EST:     GATCGTCA-CGTCCTCAACGAGG-CGAGGTG-CCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|25800835|gb|CA756796.1|CA756796
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|88391559|gb|CI600748.1|CI600748
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGT-CCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|88722774|gb|CI746284.1|CI746284
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|86830034|gb|CI288672.1|CI288672
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|427784|gb|D23922.1|D23922
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAG-TNAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|33686817|gb|CF315056.1|CF315056
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCNAGGACGTCGTCG                         AGGTGGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAAGGGTTT
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGT-GGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTG-AAGGGTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gatctggtgctgatctgtgggtttgtttatttattttaattttttttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGCTCCGGCCGGACTTCTCCGTCGCCGCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGG
                                 ttttaat  putative branch site (score: 3)
                                 ttttaatttttttt  CT-rich tract
                 tgggtttgtttattta  TA-rich tract